Вильгельм Белдензеле, посетивший синайскую обитель святой Екатерины, свидетельствует: «В этом монастыре на возвышении по правую руку от главного алтаря стоит небольшой и невысокий ковчег из белого мрамора, в котором заключены лежащие в беспорядки и перенесенные сюда с вершины горы Синай кости и голова (череп. — Авт.) блаженной девы и мученицы Екатерины. Прелаты этого самого монастыря с подобающей торжественностью, молитвами и благоговением открывают этот ковчежец или сосуд перед пилигримами и показывают лежащие в нем святые реликвии. Старший чин с помощью специального серебряного инструмента с силой трет кости и раздает появляющуюся — о чудо Господне — из костей жидкость желающим, однако в малых количествах, ибо жидкость эта выступает из костей наподобие пота, а не сочится постоянно. Эта жидкость обладает особым ароматом и она считается Божьим даром, ниспосланным благодаря святой Екатерине, и она отличается от бальзама, от масла и любой другой жидкости, ибо — а это достоверно известно — трансцендентной природой обладает».
Способ погребения, бытовавший у палестинских монахов, описан на примере лавры Святого Саввы Освященного: «Против часовни гроба св. Саввы, к северу от нее, находится великая пещера — общая братская усыпальница; высечена она в скале под землею, и вход в нее прикрыт большою плитою. Пещера эта тройная: в одной устроен придел во имя святого Николая, в другой — также придел в честь пострадавших в Лавре авв, а третья служит общей усыпальницею. Когда кто-либо из братии умирает, то его тело вносят в усыпальницу и кладут на каменное ложе, где и оставляют лежать до следующего покойника, тогда спускаются опять в усыпальницу и если первый покойник уже совсем разложился, то обмывают его кости, служат над ним панихиду и ссыпают их в особую тут же пещеру-усыпальницу, а череп кладут отдельно на каменную полку».
Здесь покоятся и останки братьев, погибших насильственной смертью, что связано с трагичным историческим прошлым обители, когда персы регулярно нападали на монастырь и убивали всех его насельников. Однако монахи никогда не прятались и не покидали лавру.
Костехранилища сохранены и в других древних православных обителях Палестины, в частности в монастыре Св. Георгия Хозевита.
Отметим, что хранилище черепов имеется и в Киево-Печерской лавре. Между прочим, этот факт послужил одним из пунктов обвинения во время показательного судебного процесса, проводившегося в 30-е годы кумачовыми «борцами против религии». Большевики обвиняли монахов в том, что они убивали и грабили богомольцев в подземных лабиринтах, приводя в качестве «доказательства» черепа, сложенные в нишах.
Из черепов иноков выделяется особая жидкость, в объяснении происхождения которой современная наука оказывается бессильной. Эти черепа покоятся в стеклянных и серебряных сосудах и установлены в одной из подземных церквей. Время от времени они начинают мироточить особой благоуханной маслянистой жидкостью, которая используется для помазания верующих. «Возраст» отдельных образцов приближается к тысяче лет.
Во времена антирелигиозных гонений советской власти монастырь был превращен в музей-заповедник и мироточение черепов прекратилось. Однако в 1988 году, когда в честь тысячелетия крещения Киевской Руси часть музея вновь была передана Православной церкви, несколько черепов «ожили». В этот раз атеисты не могли обвинить «священников в обмане верующих», потому что факт мироточения был зафиксирован научными сотрудниками музея-заповедника. Состав жидкости был исследован в биохимической лаборатории Киевского мединститута. Экспертная комиссия во главе с профессором Юрием Хмелевским пришла к выводу, что она имела дело с выделениями, присущими живому организму. По словам ученого, в исследованном образце были обнаружены высокоочищенные масла примесей белков, которые имеют органическое происхождение. Синтезировать подобные соединения, даже при использовании современных технологий, практически невозможно.
В 1987—1989 гг., во время археологических исследований в Антониевых пещерах Черниговского Болдиногорского Богородичного монастыря, с XVII столетия известного под названием Ильинский или Троицкий Ильинский, был зафиксирован древний и редко встречающийся на территории Древней Руси христианский погребальный обряд, суть которого заключалась в эксгумации (повторном вскрытии) останков погребенного с последующим перемещением их на постоянное хранение в специальное помещение — костницу. До настоящего времени на территории монастыря обнаружено и исследовано три подобных памятника.
Наиболее интересным из них является кимитрия, расположенная на втором ярусе Антониевых пещер, в пространстве между подземными храмами Феодосия Тотемского и Николы Святоши. В одной из вырубленных площадок подземелья обнаружено прямоугольное погребальное углубление с тремя человеческими скелетами, захороненными один над другим через определенные промежутки времени. Кости в погребении расположены в правильном анатомическом порядке, в положении на спине. Два верхних ориентированы головами на юг, а нижний — на север. Время создания этой и других костниц Антониевых пещер археологи связывают с домонгольским периодом.
Комплекс «Пещеры Иова» был исследован в 1995 году, Он находится по соседству с основным комплексом Антониевых пещер. Камера заполнена землей с большим количеством человеческих костей и черепов, среди которых обнаружены фрагмента древнерусской керамики и плинфы, керамической поливной плитки, обломки стекла и фрагмент донца стеклянного сосуда. Показательно, что кости располагались горкой в центре помещения, а черепа — вдоль се стенок. При осмотре камеры на ее восточной стороне обнаружено граффити в виде равностороннего креста. По результатам раскопок можно говорить о двух этапах существования памятника. Первый — конец XI — начало XII в., когда подземелье служило местом обитания монаха-анахорета. Второй — вторая половина XII в. — начало XIII столетия, когда после некоторого периода запустения в заброшенной келье сформировалась костница. Эта погребальная традиция ведет свое прямое происхождение с Афона.
Сходным образом в Чернигове после смерти монаха клали в яму со срубом, где тело лежало некоторое время, до полного истлевания мышечных тканей. После этого кости помещали на материковое возвышение, раскладывая по нишам. Возможно, черепа некоторых монахов помещали в обнаруженные в стенах маленькие ниши. Также находит аналогии на Афоне и топографическое расположение костницы. Ее местонахождение перед Северным входом в Ильинскую церковь и возможное соединение с ней деревянной галереей говорит о том, что и воспринималась кимитрия как находящаяся «под основанием церковным».
Другая показательная находка была открыта в 1986 году на черниговском детинце во время исследования кладбища XI — XII вв. вблизи церкви-усыпальницы, построенной Владимиром Мономахом в 1070—1080-х гг. Небольшая по размерам, она была двухэтажной, причем первый этаж играл роль крипты-усыпальницы. По всей видимости, впоследствии она стала монастырским храмом, что косвенно подтверждается наличием обломков кирпича-плинфы или дикого камня, зафиксированных в ногах и головах погребенных. В северо-восточной части некрополя обнаружено 54 черепа, сложенных горкой в 4—5 ярусов.
На территории Спасо-Преображенского монастыря в Муроме располагался древний некрополь, на котором хоронили иноков, благодетелей обители и знатных горожан. С 1927 года здесь дислоцировался 41-й стрелковый полк Красной Армии. Кладбище было уничтожено, останки из оскверненных могил свалены в кучи перед собором или закатаны под асфальт солдатского плаца, просуществовавшего до 1995 года. В настоящее время на месте разоренного монастырского некрополя построена часовня, в нижнем этаже которой располагается костехранилище, устроенное по афонскому образцу. Здесь регулярно служатся панихиды об усопших.
