Первым агентом русской разведки в Японии был французский подданный Анри Обер, инспектор Русско-китайского банка на Дальнем Востоке, первое донесение из Иокогамы от которого было получено в мае 1904 г. Наиболее ценным информатором был корреспондент газеты «Фигаро» Бале, рекомендованный Павлову французским консулом. Благодаря французским дипломатам с ним осуществлялась связь. То есть Бале был явно двойным агентом, действовавшим с разрешения французских властей и поставлявший информацию как России, так и Франции. Имея возможность бывать в портах, на верфях, где ремонтировались японские корабли, и т.п., он мог поставлять данные о мобилизационных планах; потерях, как сухопутных войск, так и флота; отправке войск в Корею и Маньчжурию; о состоянии береговой обороны; о ходе ремонта повреждённых кораблей и перемещениях кораблей 1-го и 2-го рангов. Сведения об этом он получал как из личного наблюдения, так и бесед с высокопоставленными чиновниками и руководителями военного и военно-морского ведомства. Всего за девять с половиной месяцев им было передано 30 обширных донесений. Наблюдение в Гонконге вел консул К.Ф. Бологовский, в прошлом выпускник Морского корпуса 1890 г.
Он в основном отслеживал передвижения японских морских офицеров в Европу и британские владения в Центральной Азии. Удалось также получить сведения, что о состоянии русской эскадры в Порт-Артуре японцы получают сведения от британской агентуры (журналистов), передаваемые через китайские джонки.
К сожалению, деятельность агентурной разведки понесла непоправимый урон из-за преступной беспечности и нераспорядительности штаба наместника в Мукдене, оставившего при отступлении в марте 1905 г. японцам документы, позволившие им вскрыть большую часть агентурной сети (шифры и сведения о заграничных агентах). Пришлось в апреле отзывать самых информированных агентов Обера и Бале из Японии, а других информаторов «заморозить». Утрата шифра привела к приостановке переписки с сухопутным военным командованием. Причём вред, нанесённый этой ошибкой, был тем неприятнее, что агентурная сеть в Японии оказалась парализована именно в момент приближения к японским берегам 2-й Тихоокеанской эскадры. Была разгромлена и агентурная сеть уполномоченного Министерства финансов и члена правления Русско-китайского банка статского советника Л.Ф. Давыдова; японцы до середины июня арестовали до 20 его агентов, часть их впоследствии была казнена. Хотя русской агентуре удалось получить некоторые сведения, представляющие интерес для планирования военных действий, и даже провести несколько диверсий в тылу японской армии, её действия не могли дать (в силу хотя бы специфики своей деятельности) данных, необходимых морскому ведомству для контроля за обстановкой у российских берегов. Обращает на себя внимание малый объём данных о перевозках в Японию, что затрудняло планирование действий крейсеров на коммуникациях.
Как отмечают в своих воспоминаниях участники Русско-японской войны, разделение ответственности за военно-морские базы между морским и сухопутным ведомствами и несогласованность их действий привели к полному пренебрежению развитием сети наблюдения за прилегающими водами и связи между кораблями в море и обороняющими берег войсками.
После окончания Русско-японской войны были предприняты меры по развитию системы наблюдения на морях. Основное внимание при этом уделялось Чёрному и Балтийскому морям. На Чёрном море развитие сети постов основной задачей имело создание надёжной системы связи, на Балтике основное внимание уделялось созданию сети контроля над обстановкой на театре. С 1907 г. постановлением Совета государственной обороны создание сети береговых постов и станций рассматривалось как орган разведывательной службы флота. Для создаваемой сети наблюдения прокладывались специальные телеграфные и телефонные линии. Необходимость в таких линиях на Балтике объяснялась ещё и тем, что финские линии были ненадёжны из-за нежелания местного населения сотрудничать с российскими властями и воинскими частями. Для централизации всей системы наблюдения создаются центральные станции службы, обобщающие данные об обстановке с привлечением информации, полученной от агентуры, радиоразведки и т.д. Помимо учреждения для дешифровки к началу Первой мировой войны были созданы конструкции береговых радиопеленгаторов, размещённых в 1914—1915 гг. на береговых постах (радиостанциях).[19] На Тихом океане сеть береговых постов и станций была с окончанием войны сокращена. Установленные в годы войны 2 станции во Владивостоке и одна в Николаевске-на-Амуре были переданы в распоряжение военного ведомства. Сокращение сети постов в 1910 г. достигло критического уровня. Сибирская флотилия снабжалась средствами связи в последнюю очередь. В 1911 г. на кораблях Сибирской флотилии имелось всего 10 средневолновых радиостанций в основном устаревших систем образца 1904 г. «Телефункен» и «Попов — Дюкрете». Только два гидрографических судна, предназначенных для исследования Северного морского пути («Таймыр» и «Вайгач»), имели новые радиостанции «Телефункен» обр. 1907 г. с дальностью действия 200 км Станции кораблей флотилии имели малую дальность. Так, станции на КР «Аскольд», «Жемчуг» и ТР «Якут» имели дальность действия 400 км, на КЛ «Манджур» и МЗ «Монгугай» и «Уссури» — 120 км, а у миноносцев «Грозный», «Грозовой» и «Лейтенант Сергеев» — всего 50 км! Мало было и радистов. Их имелось всего 17 человек, из которых лишь два унтер-офицера прошли обучение в радиотелеграфном классе в Кронштадте. Остальные прошли обучение на месте, и из-за слабой подготовки им не доверяли самостоятельного заведования радиостанциями. Не хватало и минных офицеров.
Недостаточно было снабжение фонарями Табулевича и телефонами, вместо которых присылали непригодные для постов электрические фонари и корабельные телефоны. Из необходимых по мобилизационному плану 28 наблюдательных постов (16 постоянных и 12 временных) действовало лишь 8, из которых 5 — на маяках. В течение года два поста (в заливе Ольги и на м. Майделя) предполагалось закрыть. Оставшиеся 6 постов (5 маячных) не могли обеспечить флот необходимыми данными. А планировалось иметь во Владивостоке центральную групповую телефонно-телеграфную станцию, мощную береговую радиостанцию, 5 узловых станций (в Посьете, Славянке, Разбойнике, Владимиро-Александровске и Ольге), 28 постов на юге Приморья и 6 постоянных и 1 временный пост в районе лимана р. Амур и у Николаевска-на-Амуре. Для развития этой сети в Сибирской флотилии была создана Служба связи под командованием подполковника корпуса флотских штурманов В.З. Лукина Владивостокским районом береговых наблюдательных постов и станций руководил поручик по Адмиралтейству И.П. Семёнов. Уже к 1911 г. удалось развернуть сеть из 15 постоянных и временных постов вместо 8 в 1910 г. Однако от планировавшегося развёртывания сети флотских наблюдательных постов в устье Амура было решено воздержаться из-за отсутствия там корабельного состава Можно считать это решение ошибочным, ведь в это время в Хабаровске создавалась база Амурской флотилии речных кораблей, и оборону устья реки и лимана можно было поручить ей.
