Высшее духовенство требовало запретить ливонским переселенцам-протестантам отправление их культа. Но Грозный отверг домогательства такого рода. Немецкие купцы с похвалой отзывались о веротерпимости Ивана IV и его расположении к немцам. Царь, передавали они, обнаруживает обширные познания в религиозных вопросах. Он охотно ведет диспуты на догматические темы, особенно с ливонскими пленниками, разбирает различия между православием и католичеством и якобы серьезно думает о соединении церквей. Доброжелатели царя — немецкие купцы не упомянули о том, что московский царь был человеком вспыльчивым и диспуты с ним не всегда имели мирный исход.
В 1577 г. Грозный затеял спор с лютеранским проповедником Мартином Нандельштетом, встреченным случайно на улицах Кокенхаузена. Когда пастор сравнил Лютера с апостолом Павлом, самодержец пришел в ярость и огрел его кнутом по голове. Немного успокоившись, он продолжил беседу и даже просил проповедника изложить письменно, «что их вера». Из дальнейших вопросов царя следовало, что его живо интересовала реформа церковных обрядов, проведенная Лютером.
Известный дерптский проповедник Иоганн Веттерман учился в Виттенбергском университете в Германии в бытность там Лютера и Меланхтона. Его слава как богослова была столь велика, что Иван велел дать ему для просмотра некоторые древние книги из семейной библиотеки. По личному разрешению царя Веттерман свободно разъезжал по русским городам, где жили немцы, и учил их «люторской ереси».
Когда Грозный узнал о Варфоломеевской ночи в Париже, он осудил преступление католического короля и выразил сожаление по поводу убитых гугенотов. Судя по тому, что число жертв короля было немыслимо преувеличено, информацию о резне московский двор получил от протестантов.
Иван IV, не стесняясь, использовал сугубо опричные меры, чтобы оградить лютеран, живших в земщине, от преследований со стороны церковных властей. Когда митрополит насильно заставил немца-лютеранина принять православие, Грозный примерно наказал иерарха. Слухи об этом проникли в протестантскую Германию. Толковали, будто митрополит должен был заплатить штраф в 60 000 рублей.
Иван IV не только защищал еретиков, но и приблизил к себе некоторых из них. Он зачислил на опричную службу и сделал своими советниками ливонских дворян Таубе и Крузе, Эберфельда и Кальпа.
Особым влиянием в опричнине пользовался доктор права из Петерсхагена Каспар Эберфельд. Грозный охотно слушал рассказы ученого-правоведа, расспрашивал его об обычаях и нравах его страны. Эберфельд присутствовал на совещаниях царя с Боярской думой. Ходили слухи, что Иван хотел поручить Эберфельду деликатную миссию — сосватать в Германии невесту для наследника престола. Православный люд боязливо взирал на дружбу великого государя с иноземцами. Дьяк Иван Тимофеев с негодованием писал о царе, что «вся внутреняя его в руку варвар быша».
Царь Иван знал о приверженности королевы Елизаветы протестантскому вероучению, но это нисколько не помешало ему затеять сватовство. В конце жизни он завел переговоры с английским двором об устройстве брака с английской «принцессой» Мэри Гастингс. Готовясь к новому браку, самодержец повелел английскому послу, чтобы состоявший в его свите проповедник доктор Коули написал для него, государя, «тезисы англиканской веры». Затем монарх приказал прочесть эти тезисы публично перед многими из своей думы и знати. Подробности царского диспута с представителем англиканской церкви неизвестны. Можно полагать, в новом диспуте государь проявил сдержанность. Косвенным доказательством тому был эпизод с сыном боярским Захарием Болтиным. Будучи приставом у сэра Боуса, Болтин из чрезмерного усердия помянул, что тому было бы неплохо креститься в православие. Узнав об этом, Грозный велел бросить пристава в тюрьму.
Болтин не навязывал англичанину веру и действовал из лучших побуждений. Его арест мог вызвать у придворных и духовенства разве что недоумение и досаду. Но жест Грозного имел в виду не собственных подданных, а английский двор. Паства англиканской церкви, в особенности же будущая невеста царя, получила доказательство, что в России англичане не будут подвергаться притеснениям на религиозной почве.
В середине 70-х годов Грозный разрешил ливонским немцам построить кирху в двух верстах от православной столицы. В то время Немецкая слобода под Москвой процветала. Положение переменилось после того, как ливонский король Магнус перешел на сторону Батория и проект создания в границах России вассального протестантского королевства рухнул, а самые видные из служилых немцев — Фаренсбах, Таубе и Крузе — изменили царю.
В условиях тяжелого военного поражения и подозрений насчет новой измены — «шатости в людях» — Грозный не мог более игнорировать требования церковного руководства. В конце Ливонской войны Немецкая слобода подверглась погрому. Некий купец Бохиус из Любека, нечаянный свидетель происшедшего, сообщает, что санкции против немцев были проведены по указке митрополита и духовенства. В беседах с царем митрополит указывал на то, что немцы, получившие привилегию на торговлю вином, спаивали государевых служилых людей в своих трактирах. В конце концов Грозный велел сжечь протестантский храм.
Благословляя поход Грозного на Полоцк, митрополит Макарий объявил, что цель православного воинства — священная борьба против «прескверных лютор» на древних русских православных землях. По взятии Полоцка Иван IV отпустил на родину католиков — польских капитанов и 500 польских солдат. Местное православное население получило разрешение остаться в своих домах, зато литовцы были уведены пленными в Россию.
Вскоре же царь дал Литве веские доказательства своей «веротерпимости». Он приказал рубить головы монахам-бернардинцам из местного католического монастыря. В глазах Грозного католики были опасными врагами, и он решил искоренить рассадник католической веры в Белоруссии.
Жалкая участь постигла местное еврейское население. Благочестивый царь, отслужив молебен в честь победы над безбожными «люторами», отдал приказ о расправе с евреями. Согласно записи псковского летописца, «которые были в городе жили люди жидове, и князь велики велел их с семьями в воду в речноую въметати, и оутопил их».
Ответственность за происшедшее лежала не на одном царе Иване. В походе на Полоцк его сопровождал игумен Иосифо-Волоколамского монастыря Леонид. Архиепископом полоцким царь поставил Трифона Ступишина, потому что тот был постриженник «Иосифа игумена Волоцкого». Основоположники осифлянства новгородский архиепископ Геннадий и игумен Иосиф Волоцкий вели длительную борьбу с жидовствующими в России. Их старания поначалу были не очень удачными по той причине, что еврейское население в пределах России отсутствовало. Тем не менее ортодоксам удалось добиться осуждения новгородских вольнодумцев как тайных иудеев и отправить их на костер. Геннадий был поклонником методов испанской инквизиции.
Расправа с евреями, исповедовавшими иудаизм, была показателем того, сколь сильным было влияние на молодого царя осифлян.
Грозный не видел нужды в новых подданных — «богоборном» еврейском населении.
Признавая авторитет митрополита, царь тем не менее не доверял ему вести богословские споры с иноверцами и сам вел такие споры. Он исходил из представлений насчет превосходства «царства» над «священством».
