Несмотря на то что количество слушателей на лекциях, которые читал Карл Хаусхофер, неуклонно росло, он рассматривал свою преподавательскую деятельность как некое одолжение, которое он делал университету. Если в мае 1922 года на его курс ходило 24 человека, то когда в ноябре 1923 года он читал лекцию «Проблемы поселенческой, транспортной, военной и экономической географии», аудитория была забита до отказа. Нельзя сказать, что Хаусхофер был блестящим оратором. Его фразы хотя и были выразительными, но многие находили их слишком длинными. Казалось, это должно было утомлять студентов. Но очевидцы вспоминали, что во многом поэтическая речь профессора звучала для них почти как музыкальное произведение. Хаусхоферу никак нельзя было отказать в умении очаровывать молодежь. Он легко завоевывал доверие своих студентов. Однако он не мог смириться с университетскими устоями. «Ординарное господство» его нервировало, а потому нередко Хаусхофер мог казаться слегка раздраженным. Иногда, чтобы поддержать своего супруга, на лекции приходила Марта. Она же выступала в качестве объективного судьи, указывая на сильные и слабые стороны тех или иных докладов. Вопреки тому что имя Хаусхофера становилось известным не только в Германии, но и во всем мире, сам он позволял себе сомневаться в целесообразности создания такой научной дисциплины, как геополитика. В одном из писем он сообщал: «Ко мне как-то подошел молодой студент, который хотел знать, как можно было применить на практике политическую географию. В этот момент я словно встретил Мефистофеля на берегу ручья! Знаю ли я сам ответ на этот вопрос?» Чтобы справиться с чрезмерными нагрузками, Карл и Марта Хаусхофер разработали для себя специальное расписание дня. Они вставали около 5 часов утра, а ложились спать около 8 часов вечера.
Изменения в академической жизни Карла Хаусхофера произошли только тогда, когда к власти пришли национал-социалисты. В первой половине 1933 года за работу «Немцы, проживающие за границей, с точки зрения пограничной и военной географии» он получил venia legendi, то есть эта работа была зачтена Хаусхоферу как последокторская диссертация, автоматически дававшая право на чтение лекций в университете. Некоторое время спустя, 26 июля 1933 года, Карл Хаусхофер был официально удостоен звания ординарного профессора. Поскольку такое решение принял имперский наместник Баварии генерал фон Эпп, который был давним приятелем Карла Хаусхофера, то после Второй мировой войны стали высказываться сомнения, что это назначение было оправданным. Так, например, в юбилейном сборнике, который был посвящен столетию Географического общества Мюнхена (1969), говорилось о том, что научное значение Хаусхофера было явно завышенным. Впрочем, нельзя не учитывать, что подобного рода утверждения во многих случаях являлись всего лишь «политкорректными оговорками», которые были призваны завуалировать факты сотрудничества немецких исследователей с национал-социалистическим режимом. Именно по этой причине делались утверждения о том, что геополитика не имела никакого отношения к географии, а кроме того, само это направление было политически ангажированным. Впрочем, выводы о том, что Хаусхофер использовал должность ординарного профессора для личного обогащения, совершенно не соответствовали действительности. Полученная им прибавка к жалованью (250 рейхсмарок за семестр) шла на то, чтобы закупать учебные пособия, которые Хаусхофер планировал использовать во время чтения курса лекций, посвященных военной географии.
Кроме того, заявления о том, что Карл Хаусхофер был «обласкан» властями Третьего рейха, являются не только поверхностными, но и не совсем точными. На практике же все выглядело гораздо сложнее. Нет никакого сомнения в том, что представители Мюнхенского университета и баварского Министерства по делам образования и религии планировали избрать Карла Хаусхофера ректором высшего учебного заведения. При этом принималось во внимание, что Хаусхофер был дружен с заместителем фюрера по партии Рудольфом Гессом. В данном случае профессора геополитики рассматривали как фигуру, которая могла оградить Мюнхенский университет от вмешательства в его дела не в меру честолюбивых приверженцев национал-социалистической партии. Однако преградой для избрания на пост ректора являлось национальное происхождение супруги Карла Хаусхофера. 13 июля 1933 года семью Хаусхофер посетил университетский адвокат д-р Эйнхаузер, который настоятельно рекомендовал «подправить» родословную Марты. В частности, он предлагал объявить, что Марта была всего лишь приемным ребенком в семье Майер-Досс. Это был излюбленный прием тех дней, который позволял «приобрести» арийское происхождение. Марта Хаусхофер отмечала в своем дневнике, что в то время ее супруг оказался в очень затруднительном положении. Отказ от должности ректора по причине того, что его супруга являлась наполовину еврейкой, мог привести к нежелательным последствиям. В итоге он обратился к своему другу Рудольфу Гессу, в письме к которому просил предпринять меры, чтобы его (Хаусхофера) не избирали ректором университета. Опасения Хаусхофера были вполне оправданными. Поскольку ни он сам, ни его супруга не хотели менять родословную, то это могло стать поводом как для преследования самой семьи, так и для вмешательства в дёла университета. До Хаусхофера уже доходили слухи о том, что «доброжелатели» направляли в национал-социалистические инстанции пачки доносов на него.
В июле 1933 года Рудольф Гесс сделал все возможное, чтобы предотвратить избрание Карла Хаусхофера ректором университета. И это ему удалось. Чтобы хоть как-то отдать должное Карлу Хаусхоферу, в августе 1933 года заместитель руководителя Рабочей группы по вопросам геополитики Курт Фовинкель предложил Рудольфу Гессу создать при Мюнхенском университете специальную кафедру геополитики. После этого Рудольф Гесс направил Гансу Шемму, предводителю Национал-социалистического союза учителей и гауляйтеру Баварского Остмарка, письмо. В нем он говорил о целесообразности («хотя бы по внешнеполитическим причинам») создания кафедры геополитики, во главе которой должен был находиться именно Карл Хаусхофер. Однако Ганс Шемм отклонил это предложение, заметив, что в планах министерств не значилось предоставлять особую профессуру Карлу Хаусхоферу. В итоге лишь в январе 1934 года баварский профессор и генерал получил особый статус. Он был назначен «уполномоченным по вопросам военных наук», который был ответственен за связи с Немецким обществом военной политики и военных наук.
Казалось бы, проблема с происхождением Марты Хаусхофер была решена. Однако она вновь дала о себе знать, когда Карл Хаусхофер в соответствии с требованиями Закона «О восстановлении профессионального чиновничества» стал заполнять анкеты в университете. В них он был обязан указать «неарийское» происхождение своей супруги. В этих условиях ему пришлось вновь обратиться за помощью к Рудольфу Гессу. В одном из писем он просил дать своего рода «доверенность», которая бы подтверждала, что семья Хаусхофер вела «арийский образ жизни». Подобного рода документ мог позволшь и самому Карлу Хаусхоферу, и его сыновьям рассчитывать на продолжение работы в высшей школе. В июле 1934 года Рудольф Гесс направил в соответствующие инстанции письмо, в котором заявлял, что профессор Хаусхофер должен был продолжить свое преподавание, несмотря на то что его супруга не была «стопроцентной арийкой». Кроме того, указывалось на то, что Карл Хаусхофер был не просто ветераном Первой мировой войны, но и полностью разделял национал-социалистическое мировоззрение. На самом деле треволнения семьи Хаусхофер, связанные с национальностью отца Марты, на этом не закончились. В 1935 году новая университетская администрация вновь стала предъявлять претензии. На этот раз под удар попал не только Хаусхофер, но и профессор Эрих фон Дригальски. Сам же Карл Хаусхофер (в характерной для него манере) прореагировал очень импульсивно. Он пригрозил, что прекратит любую общественную и научную деятельность, если не закончатся нападки на его супругу. На этот раз уже самому Гессу пришлось вмешиваться в ситуацию, чтобы потушить огонь начинавшегося пожара.
