1889 – 29 января в Петербурге женится на О. Ф. Трубниковой. Поселяется с женой в квартире на Михайловской площади. Работает над портретом отца, А. Н. Серова. В сентябре совершает с женой поездку в Париж на Всемирную выставку. В конце года, оставив жену, ожидающую ребенка, в Домотканове, живет в Москве у Мамонтовых, в их доме на Садовой-Спасской. Знакомит с Мамонтовыми приехавшего в Москву Врубеля.
1890 – в начале года пишет по заказу С. И. Мамонтова портрет итальянского певца Анджело Мазини. В феврале родилась дочь Ольга. Весной с портретом отца, композитора А. Н. Серова, впервые участвует в очередной, XVIII выставке Товарищества передвижных художественных выставок. В Костроме совместно с новым другом, К. А. Коровиным, пишет для приходской церкви композицию «Хождение Христа по водам» и заказные портреты. Осенью перевозит жену с дочерью на постоянное жительство в Москву. На конкурсе Московского общества любителей художеств получает первую премию за портрет певца Анджело Мазини.
1891 – зимой пишет портрет еще одного певца, выступавшего в Частной опере, – Франческо Таманьо. Вместе с К. А. Коровиным и Врубелем принимает участие в иллюстрировании произведений М. Ю. Лермонтова. Летом работает в Абрамцеве и, по примеру Врубеля, увлекается изготовлением керамических изделий в организованной С. И. Мамонтовым гончарной мастерской. Осенью пишет портрет К. А. Коровина.
1892 – в мае пишет в Хамовниках портрет жены Л. Толстого Софьи Андреевны. Совместно с К. А. Коровиным получает заказ от харьковского дворянства на исполнение картины «Александр III с семьей». Летом навещает мать в селе Судосево в Симбирской губернии, где она занималась организацией столовых для голодающих. В конце года начинает работу над портретом И. И. Левитана в мастерской художника. Родился сын Александр.
1893 – законченный в начале года портрет Левитана Серов представляет на XXI Передвижную выставку. Для семейного портрета Александра III пишет в Петербурге этюды с натуры его детей, великой княгини Ольги Александровны, Ксении и Михаила. Летом с семьей живет в Крыму, в Кореизе, пишет этюды «Татарская деревня» («Крымский дворик»), «Татарки у реки».
1894 – на XXII Передвижной выставке показывает портрет С. А. Толстой и пейзаж «В Крыму». На общем собрании передвижников избран членом Товарищества. Находясь в Петербурге, пишет по заказу П. М. Третьякова портрет писателя Н. С. Лескова. В июне в Борках Харьковской губернии участвует в представлении портрета царской семьи Александра III. С середины лета по конец сентября совершает вместе с Коровиным поездку на Север, инициатором которой стал С. И. Мамонтов. Посещают Архангельск, побережье Кольского полуострова и Северную Норвегию. Пишет в этой поездке и по ее впечатлениям много этюдов. Родился сын Георгий.
1895 – на очередной Передвижной выставке экспонируется портрет Лескова работы Серова. Летом живет в Домотканове, пишет портреты жены («Летом») и М. Я. Львовой. Там же осенью написана картина «Октябрь. Домотканово». В конце года исполнил несколько заказных портретов – М. К. Олив, В. В. Мусиной-Пушкиной, В. В. Капнист.
1896 – портреты, написанные прошлым летом в Домотканове, показывает на XXIII Передвижной выставке. Родился сын Михаил. Соглашается принять участие в создании альбома, отображающего коронацию Николая II, и в связи с этим присутствует на торжествах в Успенском соборе Кремля. Знакомится с А. Н. Бенуа. Произведения Серова впервые экспонируются на международной выставке мюнхенского Сецессиона. В Частной опере Мамонтова знакомится с привлеченным в труппу Ф. И. Шаляпиным.
1897 – в первой половине года пишет заказные портреты купчихи М. Ф. Морозовой и великого князя Павла Александровича. В Петербурге знакомится с С. П. Дягилевым и поддерживает его идею организовать, совместно с финнами, выставку для объединения молодых художественных сил. Принимает предложение директора Московского училища живописи, ваяния и зодчества князя А. Е. Львова взять на себя руководство в училище натурной мастерской.
1898 – в январе в Петербурге открылась организованная Дягилевым выставка русских и финляндских художников, на которой Серов был представлен пятнадцатью работами. Две работы, портреты певца Франческо Таманьо и купчихи М. Ф. Морозовой, показывает на XXVI Передвижной выставке. 23 марта на общем собрании Академии художеств Серов удостоен звания академика. Летом в Борисоглебске пишет заказной портрет хозяйки имения графини В. В. Мусиной-Пушкиной, гравирует автопортрет, занимается иллюстрациями к басням Крылова. Осенью выходит первый номер подготовленного по инициативе Дягилева журнала «Мир искусства». У гроба П. М. Третьякова Серов рисует посмертный портрет знаменитого коллекционера.
1899 – работы Серова представлены на первой выставке журнала «Мир искусства», открытой в Петербурге с января по февраль. В начале июня избран на трехлетний срок в совет Третьяковской галереи, созданный после смерти П. М. Третьякова. Летом живет на даче профессора В. В. Матэ в Териоках, близко сходится с А. Н. Бенуа. Пишет там картину «Дети». Пишет заказной портрет Александра III в мундире Датского лейб-гвардии полка и в связи с этой работой выезжает в Данию. В Москве завершает работу над заказным портретом С. М. Боткиной.
1900 – в январе—марте работает в Петербурге над портретами Николая II и великого князя Михаила Николаевича. Экспонирует свои произведения на второй выставке картин журнала «Мир искусства». Вместе с А. Н. Бенуа и С. П. Дягилевым входит в состав распорядительного комитета по организации очередной выставки «Мира искусства». Подает заявление о выходе из Товарищества передвижных художественных выставок. Работает над иллюстрациями для книги «Царская и императорская охота на Руси». В июне приступает в Петербурге к работе над портретом княгини З. Н. Юсуповой. На Всемирной выставке в Париже удостоен Большой почетной медали за портрет великого князя Павла Александровича. В октябре совершает с женой поездку в Париж на Всемирную выставку. Родился сын Антон.
1901 – в мае в Москве пишет акварелью портрет А. П. Чехова. Летом для воспроизводства в журнале «Мир искусства» делает портрет И. Е. Репина. Весьма удачны исполненные Серовым портреты его друга С. С. Боткина и четырехлетнего «Мики Морозова», сына фабриканта и коллекционера живописи М. А. Морозова. Галерею портретов «высочайших особ» пополняет портрет управляющего Русским музеем великого князя Георгия Михайловича. Но в декабре, после вмешательства в его работу императрицы Александры Федоровны, Серов решает не заканчивать очередной портрет Николая II. И на том его взаимоотношения с царским двором были прекращены.
1902 – в начале года совместно с Остроуховым решает вопрос о приобретении для Третьяковской галереи картины Врубеля «Демон поверженный». В Петербурге завершает работу над портретом З. Н. Юсуповой. Летом с матерью и дирижером А. Б. Хессиным совершает поездку в Байрёйт. В Москве пишет портреты И. С. Остроухова, М. А. Морозова, рисует Дягилева и Остроухова за фортепиано. В конце года по просьбе Дягилева занимается организацией выставки «Мир искусства» в Москве.
1903 – в феврале, перед открытием в Петербурге пятой выставки картин «Мира искусства», на общем собрании группа недовольных политикой Дягилева постановляет прекратить выставочную деятельность «Мира искусства». Летом Серов работает на даче в Ино, а в августе—сентябре пишет в Архангельском портреты княгини Юсуповой, ее сыновей и мужа – графа Ф. Ф. Сумарокова-Эльстона. Осенью тяжело заболевает. Накануне операции в частной клинике Чегодаева пишет завещание, по которому все имущество оставляет жене Ольге Федоровне. Сделанная 25 ноября операция проходит успешно.
