Энергичными крутыми мерами, предпринятыми виленским и варшавским губернаторами М.Н. Муравьевым и Ф.Ф. Бергом, которые сменили слывших либералами благодушных администраторов В.И. Назимова и великого князя Константина Николаевича, восстание было подавлено летом 1864 г.
«Тысячи убитых в сражениях, множество расстрелянных и повешенных, тысячи сосланных в каторгу в Сибирь, сожжение и опустошение многих селищ, выселение целых деревень, лишение жителей дворянского сословия, права приобретения ими имений, права государственной службы, ограничение числа воспитывающихся в высших учебных заведениях, приостановление введения благодетельных реформ, коими пользуются внутренние губернии… — вот грустные последствия увлечений и легкомысленной веры в заграничные подстрекательства» — отмечал русофил А.И. Киркор. (Среди сорока тысяч арестантов, бредущих по этапу в Сибирь, находился бывший капитан инженерной команды Брест-Литовской крепости Юзеф Калиновски. Он родился в 1835 г. в Вильно в семье профессора математики. В девять лет был отдан в местный Дворянский институт, где преподавал его отец, затем поступил в Сельскохозяйственную академию в Горках (ныне Могилевской области). С 1853 по 1857 г. Юзеф учился в Николаевской военно-инженерной школе в Санкт-Петербурге, из которой вышел поручиком русской армии. На протяжении последующих трех лет инженер Калиновски контролировал прокладку железнодорожной линии Курск — Киев — Одесса, а в ноябре 1860 г. получил назначение в Брест-Литовск. Когда началось польское восстание, капитан оказался в трудном положении. Он знал, что восстание обречено на неудачу, в принципе не одобрял кровопролития, полагая, что дело возрождения отчизны требует «не крови, но пота». Однако, горячо сочувствуя патриотам Польши, он не мог выступить против них с оружием в руках, как того требовала присяга. В начале мая 1863 г. Калиновски подал в отставку по состоянию здоровья, а вскоре присоединился к повстанцам и принял пост начальника Военного отдела в Исполнительном комитете Литвы. Его арестовали в марте 1864 г. и приговорили к смертной казни, которую заменили десятью годами каторги «во глубине сибирских руд». Это было время глубокой религиозной перемены в нем.
Отбыв каторгу и ссылку, не имея возможности жить на родине, Юзеф Калиновски выехал в Париж, затем в Австрию, где в 1877 г. вступил в Братство кармелитов, приняв монашеское имя Рафал. Пять лет спустя он был рукоположен в сан священника и избран приором монастыря кармелитов в местечке Черная близ Кракова: «На прочном фундаменте молитвы и самоотречения, он воспринял апостольскую миссию, направленную на духовное освобождение своих угнетенных сограждан, в то время как они боролись за политическое и религиозное освобождение. Он оказал сильное влияние на возрождение польских кармелитов. Особое значение он придавал таинству покаяния, фактически, он провел так много времени, выслушивая исповеди, что в итоге был назван «мучеником исповедальни». Он умер в Вадовицах 15 ноября 1907 г.
В ноябре 1991 г. папа Иоанн Павел II канонизировал отца Рафала Юзефа Калиновского — «воплощение польского патриотизма и католицизма». Так в историческом списке брестского гарнизона наряду с генералами, писателями и героями войн появился свой святой — покровитель военных).
Царство Польское было переименовано в Привислинский край, последние остатки местной автономии упразднены, польский элемент выведен из администрации.
В Брест-Литовской крепости в качестве постоянного гарнизона появился крепостной пехотный полк, для размещения отдельных его подразделений пришлось приспособить здание арсенала. На своем месте в бывшем монастыре бригиток осталась арестантская, теперь уже военно-исправительная рота. В апреле 1863 г. специальным императорским указом в армии отменили «прогнание» через строй и шрицрутены. Однако штрафники могли быть подвергнуты телесным наказаниям «в объеме» не более 50 розог.
Во время подавления январского восстания в крепости содержались «бунтовщики», например комиссар Подляшского отряда Роман Рогински. Здесь же приводились в исполнение смертные приговоры. Виселица во дворе тюрьмы, прозванной в народе «Бригитки», стояла на протяжении 30 лет. Гарнизон крепости ввиду слабой подготовки в боях с восставшими участия не принимал в отличие от квартировавших в Бресте частей 3-й пехотной дивизии: 11-го пехотного Псковского генерал-фельдмаршала князя Кутузова — Смоленского полка и 32-го Донского казачьего полка. Командир последнего полковник Г.А. Леонов имел отличия «за усмирение польского мятежа» и исполнял обязанности Брестского уездного военного начальника.
В 1867 г. гарнизон крепости состоял из одного генерала, двадцати штаб-офицеров, семидесяти девяти обер-офицеров, тридцати двух классных чинов, двух священников. Здесь находились 3588 нижних чинов и 672 арестанта. Управление было представлено комендантом «по полевой пешей артиллерии» генералом И.Е. Штаденом, «состоявшим по армейской пехоте» полковником А.П. Борисовым, плац-майором и двумя плац-адъютантами.
Крепость уже не вполне соответствовала своему назначению. На вооружение была принята нарезная артиллерия, дальнобойность, точность и разрушительное действие которой значительно превышали возможности гладкоствольных пушек. Это нужно было учитывать при строительстве фортификационных сооружений. Поэтому в 1862 г. директор Главного инженерного управления генерал-адъютант Э.И. Тотлебен представил военному министру Д.А. Милютину записку, в которой предлагалось завершить строительство крепостных укреплений в европейской части России и обеспечить их дополнительными мерами защиты от огня, особенно навесного. В частности, Тотлебен указывал на то, что высокие каменные казармы и многоярусные башни являются отныне лишь хорошими целями, неспособным эффективно противостоять осадной артиллерии, и рекомендовал прикрывать каменные постройки гласисами, разбирать верхние ярусы казематов и укрывать их толщей земли. Для реализации этих задач генерал предлагал в течение 16 лет выделять до 3 миллионов рублей ежегодно. Предложения Тотлебена рассматривались в особом комитете. Денег в империи не хватало, поэтому комитет постановил новых работ в крепостях не предпринимать, а ограничиться приведением в исправность и готовность существующих сооружений. Таким образом, в соответствии с этим решением все русские сухопутные крепости оставались в недостроенном виде, с высокими каменными постройками, неприкрытыми от разрушительного действия нарезной артиллерии.
Директор главного инженерного управления генерал-адъютант Э.И. Тотлебен (1818–1884).
Тем не менее с весны 1864 г. началась скромная по масштабам, поэтапная реконструкция Брест-Литовской крепости. В этот период дополнительными казематами был укреплен главный земляной вал, насыпаны внутренние траверсы, построены два пороховых погреба на 5000 пудов каждый, укреплены булыжными камнями берега Буга и Мухавца.
Пороховой погреб в восточной части Кобринского укрепления.
