В ночь на 15 августа М-96 перешла в район Пальдиски, где обнаружила конвой противника, но в виду малой ценности целей командир от атаки отказался. 19 августа, израсходовав топливо, подводная лодка направилась в базу, не известив об этом командование. Вечером 22 августа в районе Лавенсари подводная лодка подверглась преследованию своих сторожевых катеров и 25 августа М-96 благополучно ошвартовалась в Кронштадте.
В следующий боевой поход М-96 вышла 4 ноября 1942 года. На борту подводной лодки находилась разведгруппа из пяти человек, задачей которой был налет на немецкий радиопост и захват шифровальной машинки «Энигма». Командовал разведчиками старший лейтенант М.С. Калинин, помощник командира Щ-303, впоследствии командир подводной лодки Щ-307, Герой Советского Союза. Разведчики так же были набраны из команды подводной лодки Щ-307. Вечером 11 ноября разведгруппа высажена в районе Нарвы. Переодетые в немецкую форму разведчики добыли «языка», но после его допроса выяснилось, что необходимой информацией он не владеет. Совершив налет на штаб полка, разведчики захватили документы и пленного, но «Энигмы» не обнаружили. При возвращении разведгруппы на подводную лодку шлюпка с людьми перевернулась, трое разведчиков и захваченный ими пленный утонули. Приняв на борт оставшихся в живых, подводная лодка вернулась в Кронштадт. Действия командира на позиции командование оценило высоко, и А.И. Маринеско был награжден орденом Ленина.
22 ноября 1942 года А.И. Маринеско сдал дела и обязанности командира подводной лодки М-96 и вступил в командование подводной лодкой С-13 находящейся в Ленинграде на ремонте и зимовке. По окончании ремонта С-13 перешла в Кронштадт, но поскольку прорыв в открытую часть Балтики был невозможен, поход отменили. В конце 1942 года А.И. Маринеско присвоено очередное воинское звание «капитан 3-го ранга», снова приняли кандидатом в члены ВКП(б) (в октябре 1941 года он был исключён). До конца сентября 1944 года С-13 проходила Боевую подготовку. 1 октября подводная лодка вышла в Боевой поход. Утром 8 октября подводная лодка заняла позицию севернее полуострова Хель. 9 октября С-13 обнаружила и атаковала траулер «Zigfrid», потратив на него впустую четыре торпеды. По докладу командира, заметив атаку (выпушено три торпеды), судно уклонилось от них резкой остановкой, четвертая торпеда прошла мимо, так как траулер увеличил ход. Подводники применили артиллерию, насчитав одиннадцать попаданий. По докладу командира, цель начала быстро тонуть, подводная лодка удалилась, но поврежденное судно, несмотря на подводные пробоины и ранение одного из членов экипажа, выбросилось на отмель косы Хель, и вскоре снова было введено в сторой. 13 октября С-13 перешла к мысу Брюстерорт, а 21 октября — к Виндаве. 25 октября подводная лодка получила приказ в светлое время суток находиться на юго-западных подходах к бухте Лыу, где накануне корабли 2-й боевой группы Krigsmarine вели бомбардировку советских частей на полуострове Сырве. В связи с тем, что корабли противника уже покинули этот район, ни одной цели для атаки обнаружить не удалось. 11 ноября С-13 благополучно вернулась в Ханко. 19 ноября года С-13 перешла в Хельсинки, где прошла ДОКовый ремонт, после которого 22 декабря перешла в Ханко.
11 января 1945 года из Ханко подводная лодка отправилась в Боевой поход. Перед этим походом командующий Балтийским флотом адмирал В.Ф. Трибуц решил предать А.И. Маринеско суду военного трибунала за самовольное оставление подводной лодки в боевой обстановке, но исполнение этого решения задержал, дав возможность искупить вину в Боевом походе.
С-13 предстояло патрулирование района между маяком Риксхёфт и Кольбергом. Несколько раз подводная лодка обнаруживала конвои, но каждый раз атаковать мешало противодействие кораблей эскорта. В 21.10 30 января подводная лодка обнаружила лайнер «Vilhelm Gustlov», на борту которого находилось около свыше 6000 человек. Его охранение состояло из миноносца «Leve», который с подводной лодки не был обнаружен. Подводная лодка двигалась в направлении 105° — почти строгим контркурсом относительно «Vilhelm Gustlov». Скорость и подводной лодки, и лайнера составляла 12 узлов. Через 14 минут командир С-13 определил элементы движения цели и начал сближение, через две минуты подводная лодка перешла в позиционное положение. Цель начала удаляться. В 21.35 С-13 всплыла и увеличила ход. В 21.55 С-13 ложится на курс 280° и в течение часа догоняла лайнер. В 23.04. подводная лодка ложится на боевой курс, строго перпендикулярно левому борту «Vilhelm Gustlov» и в 23.08 торпедирует лайнер. Через час судно затонуло, унеся с собой жизни около 5,5 тысяч человек. Пока «Leve» и суда шедшего следом конвоя занимались спасением людей с «Vilhelm Gustlov», С-13 покинула место катастрофы. Миноносец Т36 сбросил двенадцать глубинных бомб, разрывы которых слышали на подводной лодке.
10 февраля в 02.5 °C-13 потопила легкий крейсер «General Steuben», шедший в охранении миноносца и торпедолова. Корабли эскорта, занятые спасением, не преследовали С-13, и она 15 февраля прибыла в Турку.
А.И. Маринеско был представлен к званию Героя Советского Союза, но Золотую Звезду заменили орденом Красного Знамени. 20 апреля 1945 года подводная лодка С-13 награждена орденом Красного Знамени. В этот же день подводная лодка вышла для действий южнее острова Готланд. Выйти в атаку ни разу не удалось, в то время как сама С-13 несколько раз становилась объектом атаки подводных лодок и авиации противника. Этот поход командованием был признан неудовлетворительным. По заключению командира Бригады подводных лодок капитана 1 ранга А.Е. Орла о действиях командира С-13 А.И. Маринеско в последнем Боевом походе:
1. За период нахождения в море, на позиции, в зоне интенсивного движения противника с 23.04.45 г. 7 раз обнаруживал цели, но атаковать не мог…
2. 24.04. в 23.38. по ШП обнаружил конвой, но, всплыв в надводное положение, не смог открыть люка… Атака сорвалась, так как в перископ ничего видеть в это время было нельзя.
3.26.04. в 01.35 обнаружил работу поискового прибора… Возможность атаковать упущена из-за неправильных действий командира.
4. 27.04. в 22.46. по ШП обнаружила шум ТР и работу двух УЗПН.
Через 7 мин в расстоянии 35 кбт визуально обнаружил ТР в охранении двух СКР и двух СКА. Командир от атаки отказался, ввиду большой видимости. Действия командира неправильные: до этого он вывел ПЛ в светлую часть горизонта, а потом не пошел за противником, не перешел в темную часть горизонта.
5.28.04. в 16.41., находясь под водой, по ШП обнаружил шум ТР и работу двух УЗПН… Командир увеличил ход до 4 узлов и через 14 мин от атаки отказался, считая себя вне предельного угла атаки… Возможность атаки упущена по вине командира, который не стремился сблизиться с противником, а берег батарею, боясь что ее придется заряжать несколько ночей подряд.
