Исидор стал новгородским митрополитом в 1603 г. при царе Борисе и, очевидно, считался его ставленником. Поэтому после смерти царя в апреле 1605 г. именно его послали под Кромы приводить к присяге новому царю Федору стоящее там войско. Однако среди ведущих воевод начался мятеж, закончившийся переходом почти всех воинов на сторону Лжедмитрия I. После этого Исидор уехал в свою епархию и постарался сохранять нейтральные отношения с самозванцем. Это, очевидно, понял новый царь Василий Шуйский, поэтому поручил новгородскому митрополиту венчать его на царство. После осады Новгорода шведами в июле 1610 г. Исидор вместе с воеводами руководил обороной города. Но когда город был захвачен шведами, вступил с ними в переговоры по поводу избрания на царство шведского принца Карла-Филиппа. Он полагал, что правитель-протестант не будет ущемлять православную церковь в отличие от поляка-католика Владислава. Поскольку остальные города не поддержали эту кандидатуру, Исидор стал ратовать за отделение Новгорода от Русского государства. Исидор принимал послов и Первого и Второго ополчения, но реальных договоров с ними не заключал. После избрания на московский престол Михаила Федоровича Романова Исидор отправил в Москву посольство, имевшее тайную миссию — договориться о возвращении Новгорода в состав России. Принимал активное участие в заключении Столбовского мирного договора. Поэтому после присоединения Новгорода к Москве остался на своем посту. В 1619 г. он скончался.
Убийство П. П. Ляпунова
Видя безвыходность своего положения, А. Гонсевский решил с помощью обмана внести раскол в ряды ополченцев. По его указу была изготовлена подложная грамота, якобы составленная П. П. Ляпуновым. В ней писалось о том, что городовым воеводам следует убивать всех казаков, оказавшихся в их городах. С помощью одного из пленных казаков она была доставлена в лагерь ополченцев.
Естественно, что казаков страшно возмутило содержание этой грамоты. Поэтому они приняли решение убить Ляпунова. Они созвали круг и потребовали, чтобы воевода пришел к ним. Но Прокопий сразу заподозрил недоброе и решил вообще уехать из подмосковного стана.
Узнав об отъезде Ляпунова, ополченцы бросились вслед за ним. Около Симонова монастыря они догнали его и уговорили вернуться. Казаки же продолжали бушевать. Утром 22 июля они послали к Прокопию Сильвестра Толстого и Юрия Потемкина, которым удалось уговорить воеводу выйти на казачий круг. Сопровождать его взялся Иван Ржевский.
Во время прений с казаками Ляпунов пытался оправдаться и доказать, что не писал грамоты в города с наказом убивать донцов, но его никто не захотел слушать. Заранее подученные атаманами казаки набросились на Прокопия и саблями зарубили его. Вместе с ним погиб и Иван Ржевский. После этого было разграблено все имущество рязанского воеводы и его сподвижников.
Самоуправство и жестокость казаков настолько возмутили городовых воевод, что многие из них со своими отрядами тут же покинули Подмосковный стан. Это были представители следующих городов: Кашина, Дмитрова, Ростова, Мурома, Владимира, Юрьева-Польского, Нижнего Новгорода, Пошехонья, Вологды, Галича, Архангельска, Костромы, Переславля, Брянска, Воронежа, Волхова, Звенигорода, Рязани. Естественно, что их уход ослабил силы ополченцев.
Правда, Д. Т. Трубецкой, желая восполнить потери, с помощью своих сторонников провел агитацию среди жителей юго-западных городов. В итоге в конце лета прибыли отряды из Алексина, Медыни, Белой, Дорогобужа, Козельска, Вязьмы и Боровска. Кроме того, после взятия поляками Смоленска жители из его окрестностей начали в массовом порядке отъезжать к Москве. По указанию руководителей ополчения их направили в Арзамас и Малоярославец.
Но в целом обстановка в лагере ополченцев была очень нездоровой. Трубецкой старался держаться в тени и не спорить с Заруцким и Просовецким, которые стали заправлять всеми делами. Об обстановке в подмосковном стане в это время дает представление «Сказание» Авраамия Палицына: «По неправедном же оном убиении Прокопиеве бысть во всем воиньстве мятеж велик и скорбь всем православным христианом. Врагом же поляком и русским изменником бысть радость велика. Казаки же начашя в воинсьстве велико насилие творити, по дорогам грабити и побивати дворян и детей боярских; потом же начашя и села и деревни грабити и крестьян мучити и побивати. И токоваго ради от них утеснениа мнози разыдошяся ис-под царьствующаго града. Литовский же гетман Сапега, тогда стоя под градом Переславлем-Залесским, слыша о убиении Прокопиеве и нестроение велико усмотрив в воинстве православных, и прииде вскоре на помощь поляком со множеством воинства и запасы. И от Олексеевской башни и до Твеских ворот Болыпово Белово города взяли и в Замосковье острошки все высекли и запасы в город привезли… И тем стали литовсеие люди силны». (Сказание Авраамия Палицына. Указ. изд. Стб. 309.)
