Старый полководец так был любим своими воинами, что Александр не решился велеть схватить его посреди его войска. Кроме Филота и Пармениона, многие македоняне были казнены как участники заговора.
Вскоре после того Александр отправился походом против Бесса, в Бактрию. В четырнадцать дней он перешел пустынные, покрытые снегом Паропамисские горы посреди бесконечных затруднений и лишений (март 331 года). В безлесных горах нечем было сварить пищу; принуждены были питаться сырым мясом без хлеба. Недостаток в пище дошел наконец до того, что войско питалось кореньями и кониною. Бактрия покорилась без борьбы потому что Бесс, при приближении Александра, бежал через Окс (Аму) в Согдиану. Птоломей, сын Лага, преследовал Бесса и схватил его. Когда цареубийца был приведен к Александру, царь велел влачить его обнаженного, с цепью на шее и поставить с правой стороны на том пути, по которому должно было следовать македонское войско. Александр, проходя мимо Бесса, спросил его, зачем он умертвил своего царя и господина, своего родственника и благодетеля. Тот отвечал, что сделал это не по собственному произволу и решению, но по приговору всех, которые тогда окружали Дария, с целью заслужить тем милость Александра. Царь велел бичевать его и отдал его брату Дария, Оксафру, чтоб перевезти в Бактрию. Там Александр, в следующую зиму, предал его суду собравшихся персидских вельмож и сам явился перед этим судом в качестве обвинителя. Суд приговорил немедленно отрезать цареубийце нос и уши, отправить его в Екбатану и там, на глазах мидян и персов, распять на кресте. Приговор этот был исполнен.
Провинция Согдиана, простиравшаяся к северу до Яксарта (Сыра), была окончательно покорена только в течение 328 года, после упорной борьбы. При Яксарте, на крайнем северо-востоке персидского царства, Александр основал колонию Александрию Есхату (Северную Александрию), предназначенную быть последним средоточием греческой жизни и оборонительным пунктом против разбойнических скифских племен, скитавшихся по ту сторону реки. Ко времени этой войны относится вступление Александра в брак с Роксаною, прекрасной дочерью покоренного бактрийского князя. Этот союз, заключенный по сердечной склонности, принес ему любовь и доверие азиатских народов. В это же время произошел несчастный случай с Клитом. Пока войско располагалось для отдыха в Мараканде, главном городе Согдианы (в нынешнем Самарканде), Александр присутствовал вечером со своими друзьями на веселом пире, по случаю праздника Дионисия. Окружающие царя наперерыв восхваляли его подвиги и превозносили их выше деяний Диоскуров и Геракла. Клит, от природы упрямый и вспыльчивый и уже давно недовольный лестью греческих софистов и покоренных варваров, окружавших царя, слушал с отвращением чрезмерные похвалы; разгоряченный вином, он позволил себе противоречить, льстецам, ценить дела Александра по их действительному достоинству, возвеличивать подвиги его отца и старых полководцев; вспомнил о смерти Пармениона и почитал счастливыми павших на войне, которым не довелось увидеть, как мидяне бьют плетьми македонян и как эти последние принуждены прибегать к персам, прося их о доступе к царю. Многие из старых полководцев осуждали его речь, и Александр сказал одному греку, сидевшему подле него: «Не правда ли, вам, грекам, кажется, что вы между македонянами, как полубоги между дикими зверями?» Но Клит в рвении своем зашел еще далее и воскликнул: «Александр может говорить, что ему угодно, но пусть впредь не приглашает к своему столу людей свободномыслящих; пусть лучше ведет дружбу с варварами и рабами, которые благоговеют перед его персидским поясом и белой одеждой». Эти слова вывели Александра из себя: он взял со стола яблоко, бросил его в голову Клита и стал искать свой меч. Один из телохранителей заблаговременно припрятал его. Произошло всеобщее волнение. Александр воззвал по-македонски к своим телохранителям, чтобы они отомстили за своего царя; он велел трубачу трубить тревогу, и когда тот не послушался, ударил его кулаком по лицу. Между тем друзья Клита вывели его из пиршественной залы; но спустя немного времени опьяневший Клит взошел другою дверью и стал петь песню насмешливого содержания об Александре. Тогда Александр вырвал копье из рук одного из своих телохранителей и бросил его в Клита, который со стоном и скрежетом зубовным упал на землю. Александр убил своего друга спасшего ему жизнь при Гранике. В то же мгновение бешенство его прошло. В ужасе и отчаянии бросился он на труп, вырвал копье из кровавой раны и хотел вонзить его в свою грудь. Его руку удержали присутствовавшие и перенесли его на ложе.
Всю ночь плакал и терзался царь, громко произносил имя убитого и имя Ланики, сестры его, а своей кормилицы «Хорошо наградил я ее за попечение обо мне! — восклицал он. — Сыновья ее пали за меня в битвах; брата ее, спасшего мне жизнь, я умертвил собственными руками!» Три дня и три ночи лежал Александр, запершись с трупом Клита в своей ставке, не принимая ни пищи, ни питья, без сна и покоя; под конец слышны были только его глухие стоны. Друзья, опасаясь за него, ворвались, наконец, к нему силою; войска собрались перед его палаткою и стали требовать своего царя, но он оставался неподвижным и не слушал никаких утешений. Наконец удалось гадателю его Аристандру и софистам Анаксарху из Абдеры и Каллисфену из Олинфа успокоить его и поднять на ноги. Каллисфен старался подействовать на царя нравственными доводами, Анаксарх — низкою лестью. «Разве ты не знаешь, — говорил он, — что рядом с Зевесом восседают Дика и Фемида, богини права и правосудия, чтобы все делаемое повелителем неба и земли считалось сделанным праведно и правосудно? Так и все, совершаемое царем, должно быть правильно и законно и не может быть осуждаемо суетным мнением толпы». Должно сказать к чести Александра, что нехитрая лесть какого-нибудь Анаксарха успокоила его душу, но что всего более известие об опасностях, которым подвергалось его войско, и чувство долга в отношении к воинам, которых он не должен был оставлять в этой отдаленной стране, на конце тогдашнего света, снова возбудили его к жизни; что только новая деятельность и проснувшаяся в нем потребность великих подвигов постепенно утолили его горькую печаль.
Упомянутый выше Каллисфен был племянником и учеником Аристотеля, и Александр оказывал ему особенное внимание из уважения к любимому своему наставнику. Ему было поручено составить описание жизни и подвигов царя; но он был человек тщеславный и высокомерный, полный мелких слабостей; находя, что Александр еще недовольно ценит его достоинства и заслуги, он стал удаляться от двора, прикидываться республиканцем и хвалить старые времена. Он часто оскорблял царя резким обхождением и именно умышленным отказом в наружных знаках почтения, которых Александр желал от окружающих его греков и македонян, чтобы уничтожить различие между ними и азиатами. Отчуждение это зашло наконец так далеко, что Каллисфен был увлечен в заговор против жизни царя, задуманный знатными македонскими юношами, служившими при его особе. Заговор был открыт, главные заговорщики казнены, а Каллисфен, не принимавший непосредственного участия в преступлении, был закован в цепи, чтобы позднее подвергнуться той же участи. Он умер в своей железной клетке, в которой его возили во время дальнейших походов, прежде произнесения над ним приговора, в Индии. По другим известиям, он был удавлен вскоре после открытия заговора.
Приведя в порядок все дела в Согдиане и Бактрии, Александр предпринял поход в Индию. Весною 327 года выступил он с войском из 40000 македонян и 120000 азиатов по направлению к северо-западной Индии. После постоянных и упорных битв с многоразличными племенами Пенджаба он достиг Инда, через который переправился по мосту, наскоро сооруженному его воинами. Между Индом и Идаспом находилось владение царя Таксила с главным городом Таксилою. Таксил добровольно покорился Александру и присоединился к нему, чтобы вместе с ним идти на соседа и постоянного врага своего Пора. Царство, которого начиналось по другую сторону Идаспа и простиралось до Акезина. Александр велел сказать Пору, чтобы он явился к берегам Идаспа, границе своего царства, и изъявил покорность. Пор отвечал, что придет, но только с вооруженною силою. Прибыв к Идаспу, Александр увидел на противоположном берегу потока сильное войско Пора с 300 слонами и многочисленными боевыми колесницами. Поток, поднявшийся вследствие тропических дождей, имел в это время 1200 шагов ширины, и перейти его на глазах неприятеля казалось невозможным. Александр с частью своего войска переправился, однако, не замеченный неприятелем, в расстоянии трех часов от своего лагеря, и завязал с Пором кровопролитную битву, в продолжение которой и остальная часть его войска перешла через реку. После восьмичасового, упорного сражения сила Пора была сломлена: 20000 индийцев легло на поле и между ними два сына царя и все предводители пехоты и конницы, все возницы и управлявшие слонами. Сам седовласый царь, видя бегство и поражение своего войска, устремился на неприятеля на слоне своем и, сражаясь, искал смерти. Наконец и сам он, раненый и изнеможенный, обратился в бегство, хотя оставался одним из последних на поле битвы. Чтобы спасти мужественного старца, Александр послал вслед за ним Таксила. Когда этот последний догнал его и советовал ему предать себя на милость Александра, Пор, исполненный злобы, бросил метательное копье в старого, ненавистного врага своего и пронзил бы его, если бы Таксил поспешно не уклонился назад. Тогда Александр послал к Пору многих других князей, которые побудили его сойти на землю и идти с покорностью навстречу победителю, Александр удивлялся гигантскому росту и осанистому виду воинственного царя. Он приветствовал его с достоинством и спросил, как желает он, чтобы с ним обращались. «По-царски», — отвечал Пор, и когда Александр сказал ему на это: «Это будет исполнено, Пор, уже ради моего собственного достоинства; скажи мне только, со своей стороны, чем я могу показать тебе свое дружелюбие?» — Пор отвечал: «В слове „по-царски“ заключается все».