Во второй половине 2-го ноября шторм еще более усилился, размахи корабля доходили до 32 градусов, фрегат брал очень много воды обоими бортами, по верхней палубе перекатывались волны. Грот-мачта, поврежденная дымовой трубой, расшаталась, и была опасность ее вообще потерять. Был утерян утлегарь — его обломки, повисшие на обрывках такелажа, тащились в воде вдоль корпуса. Фрегат все больше стягивало в Бискайский залив, 4-го ноября размахи доходили до 45 градусов. Вечером того же дня было замечено, что у четырех котлов срезаны болты, скрепляющие их с фундаментами, но несмотря на исключительно тяжелые условия, кочегары во главе со старшим механиком поставили новые болты.
Еще до прихода в Брест командир “Генерал-Адмирала” с тревогой отмечал усиление течи, теперь же, во время шторма, течь верхним шельфом брони и обоими бортами выше стальной палубы постоянно увеличивалась, поэтому день и ночь одно отделение вахты постоянно собирало воду ведрами из жилых помещений. Во время шторма верхняя палуба тоже расшаталась и потекла, весь багаж команды, всю мебель промочило и целую неделю вся команда, не исключая и офицеров, буквально жила в воде. Кроме того вода проникала через задраенные иллюминаторы и полупортики жилых помещений. Ниже стальной палубы, т. е. в трюме, течь также увеличивалась.
Из-за серьезных повреждений решено было вернуться в Брест. Сначала поставили паруса, а вечером 6-го ноября развели пары. В ночь с 6 на 7 ноября шторм утих и под машиной, малым ходом, имея ход в 5–6 узлов “Генерал-Адмирал” утром 7 ноября подошел к Бресту, и встал на якорь около 3-х часов дня . Здесь фрегат вынужден был встать на продолжительный ремонт.
Страшный шторм был серьезным испытанием и для корабля и для его отважной команды. Русские моряки показали не только мужество, но и высочайший профессионализм, а фрегат — высокое качество постройки. Корпус корабля не получил никаких повреждений во время шторма. Инженер- полковник Самойлов 20 января 1881 года докладывал управляющему Морским министерством: “По приказанию Вашего Превосходительства мною осмотрен находящийся в Бресте полуброненосной фрегат “Генерал-Адмирал”, при осмотре его, я не нашел никаких видимых изменений и повреждений в составных частях корпуса, а именно в железных обшивках, шпангоутах, стрингерах, шельфе, бимсах, палубах и вообще во всех скрепления корпуса и столярстве; рулевое устройство, проводка штуртроса и штурвала находятся в исправности” .
Командир корабля капитан 1-го ранга Серков по опыту этого тяжелого плавания также был высокого мнения о корабле: “Крепость корпуса, при сравнительно легкой системе постройки фрегата, не оставляет желать ничего лучшего. Руля слушает хорошо. Качка плавная. Под парусами — качества имеет прекрасные. Поворачивает очень хорошо. Дрейф умеренный — не увальчив, не рысклив, не вертляв. Остойчивость вполне достаточная, причем порывистых качаний нет” . Единственный отмеченный недостаток — фрегат, идя против ветра, сильно брал воду полубаком. Кроме того, необходимо было ликвидировать течь.
По опыту плавания командир корабля предложил уменьшить высоту дымовой трубы и усилить крепления котлов к фундаментам, что и было исполнено. Кроме того, во время ремонта в Бресте были проведены достаточно обширные работы по ликвидации течи и восстановления поврежденного рангоута. Ремонт затянулся до весны 1881 года — лишь 26 марта “Генерал-Адмирал” вновь покинул Брест и направился в Средиземное море, оттуда вернулся в Кронштадт — планируемый переход фрегата на Дальний Восток отменили. В Средиземном море 20 апреля на рейде Неаполя “Генерал-Адмирал” встретился со своим братом — “Герцогом Эдинбургским”, а также с клиперами “Жемчуг” и “Опричник”.
Фрегаты “Генерал-Адмирал" (вверху) и “Герцог Эдинбургский” на Большом Кронштадтском рейде во время визита кайзера Вильгельма //. / июля 1888 г.
“Герцог Эдинбургский” в первое свое океанское плавание вышел чуть позже “Генерал-Адмирала” — Балтику корабль покинул в первых числах января 1881 года. 10 января 1881 г. фрегат был в Шербуре и 17-го пришел в Гибралтар и далее направился в Средиземное море. Во время перехода корабль показал прекрасные мореходные качества, машина работала отлично, течь в корпусе была очень слабой, хотя в Атлантике “Герцог Эдинбургский” попал в шторм и размахи корабля доходили до 42 градусов, единственный недостаток — он зарывался носом в воду (как и “Генерал-Адмирал”).
По первому океанскому плаванию “Генерал-Адмирала” МТК постановил (21 августа 1881 г.) серьезно изменить состав артиллерийского вооружения: “…иметь на фрегате шесть таких же 8-дюймовых орудий… два же 6-дюймовых орудия в оконечностях фрегата заменить шестидюймовыми дальнобойными… общее число снарядов и зарядов не увеличивать и на каждое 8 дм орудие иметь их не по 125-ти, а только по 85-ти… средние пушки Гочкиса вовсе снять” .
Кроме того, МТК принял решение для уменьшения перегрузки частично разбронировать корабль. “Чтобы не лишать фрегат броневой защиты, не разбронировать его совершенно, но снять в носовой части по 6, а в корме по 7 броневых плит с каждой стороны, всего 26 плит, при этом машинное и котельное отделения и крюйт-камера останутся под броневой защитой. С разбронированной части борта снять деревянную броневую подкладку и заделать железными листами и ребрами из углового железа…”
Было также решено укоротить на 5 футов мачты и уменьшить площадь парусов. Управляющий Морским министерством утвердил эти предложения МТК. Было также признано необходимым заменить машину на “Генерал-Адмирале” более современной. Известная английская фирма Модзлея предложила более сильную (7000 л.с.) и совершенную вертикальную паровую машину (на “Генерал-Адмирале” стояла машина с горизонтальным расположением цилиндров), которая меньше весила (950 т) и могла обеспечить фрегату ход до 15 узлов. Но управляющий Морским министерством отклонил это предложение, скорее всего по причине элементарной нехватки средств (новая машина с котлами стоила 1 155 000 рублей).
На "Герцоге Эдинбургском” также уменьшили высоту мачт и площадь парусов, провели перевооружение аналогично “Генерал-Адмиралу” и частично разбронировали.
В следующем 1882 году “Генерал-Адмирал” и “Герцог Эдинбургский” поодиночке совершили переход на Дальний Восток. “Генерал-Адмирал” стал флагманским кораблем командующего эскадрой Тихого океана контр-адмирала Н.В. Копытова.
Все 80-е гг. XIX века оба корабля являлись одними из самых активных судов русского флота, проведя значительную часть времени в длительных плаваниях.
С целью увеличить ударную мощь фрегатов, в 1884 году принимается решение установить на них более мощные 30-ти калиберные 8-дюймовые орудия (вместо прежних с длиной ствола в 22 калибра). Неоднократно менялся и состав мелкокалиберной артиллерии: например, в 1885 г. “Генерал-Адмирал” помимо 6 8-дюймовых и двух шестидюймовок имел 6 87 м/м, 2 64 м/м и 8 37 м/м . Вооружение фрегата дополняли два торпедных аппарата.
