Интересно, что именно во Владивостоке впервые в истории было совершено плавание в ледовых условиях под водой. Эти опыты провела ПЛ «Кефаль» с 15 по 21 декабря 1908 г. Хотя лёд в это время ещё не приобретает большой прочности (во Владивостоке только начинается замерзание Уссурийского залива и Босфора), но выяснилось, что в зимнее время из-за замерзания перископа затруднено наблюдение и выход в торпедную атаку.
Много раз российские корабли, действовавшие на Тихом океане, привлекались к действиям против пиратов. Основным районом пиратства были прибрежные воды Китая, а не район Индийского океана, как сейчас Особенно часто кораблям приходилось встречаться с морскими разбойниками после занятия Ляодунского полуострова. Для борьбы с пиратами использовались как вооружённые транспорты, так и миноносцы с канонерскими лодками. Особенно усилилось пиратство во время «Боксёрской войны» (восстания ихэтуаней) в 1900—1901 гг. Так, 14 мая поступили сведения о шайке пиратов у о. Элиот. Гражданские власти обратились к морскому командованию с просьбой послать военный корабль. Посланные силы захватили вооружённую джонку и конфисковали оружие. По слухам, на о. Канг-лу-дао скрывались до 300 пиратов. Пришлось перевозить для занятия этих островов команду из 50 человек при двух офицерах из состава 6-го стрелкового полка. 19 сентября 1900 г. на о. Хайяндао (гавань Торнтона) пираты ограбили несколько купцов и взяли двух приказчиков в заложники с требованием выкупа в 2000 долларов.10 ноября 1900 г. поступила телеграмма начальника участка железной дороги Бицзыво-Тауцза с просьбой купцов и жителей Бицзыво, жалующихся что их грабят пираты на рейде и в море возле этого населённого пункта. В мае 1900 г. инженеры-железнодорожники доносили о большой партии хунхузов; присланные войска арестовали шестерых подозреваемых. Когда 5 сентября 1901 г. была обнаружена партия из 50 хунхузов у о. Динбай, туда по приказу наместника был отправлен минный крейсер «Всадник».7 апреля 1901 г. были обнаружены пираты у Сеньючена, для их поиска отправлены канонерская лодка «Гиляк» с миноносцами 203 и 211. Корабли обнаружили 9 апреля 3 джонки с сотней китайцев, которые бежали при виде миноносца. В августе 1900 г. из-за отсутствия патрулирующих военных кораблей активизировались банды в северной части Ляодунского полуострова.
Впрочем, не все сообщения о хунхузах были достоверными. Так, 20 июля 1900 г. поступило сообщение о высадке 8 шаланд с бандитами в б. Робинзон. Срочно готовился крейсер («Забияка» или «Адмирал Корнилов»), но выяснилось, что за бандитов приняли местных рыбаков. Несмотря на снижение активности хунхузов, после разгрома восстания борьба с пиратами оставалась актуальной всё время, когда России принадлежал Порт-Артур.
При этом приходилось договариваться с местными китайскими властями, как опознавать джонки с вооружёнными китайцами, направленными патрулировать берег от пиратов. Так, 29 марта 1901 г. к наместнику обратился мукденский цзянцзюнь (губернатор) с просьбой выдать удостоверения для 6 джонок, патрулирующих побережье у Ляодунского полуострова, для предупреждения столкновения с российскими кораблями. Эти джонки несли жёлтый флаг с драконом. Этим джонкам были выданы удостоверения, в которых предписано не плавать южнее мыса Былихо и о. Уангидао. Для кораблей, направленных против пиратов, была разработана специальная инструкция. Необходимость установления связи с китайскими властями была очень острой. Ведь для установления личностей экипажей джонок русским морякам всё равно приходилось связываться с властями. Так, ещё в декабре 1903 г. ЭМ «Разящий» задержал две джонки, вооружённые пушками. Китайцы заявили, что они купцы, а обнаруженные две дульнозарядные пушки, ружья и горшок с порохом и дробью нужны им для защиты от пиратов. Проведенное расследование показало, что местные жители знают всех задержанных и заверили в их благонадёжности. По мнению командира КЛ «Бобр», это действительно были купцы, у них имелись документы на груз. Началась Русско-японская война, и джонки отпустили. Однако адмирал Эбергард считал, что если есть оружие — значит хунхузы. Мне думается, что китайские купцы работали по принципу, известному со времён финикийцев, — если попались сильные покупатели, то с ними торгуют, если нет, то грабят.
Походы в море для борьбы с пиратами были небезопасны, приходилось плавать в неизвестных водах при отсутствии точных карт. Случались и аварии, и посадки на мель. Так, 10 апреля 1901 г. при уже упомянутом походе миноносцев и КЛ «Гиляк» миноносец № 211 выскочил на не обозначенный на карте риф близ бухты Елены. Пришлось проводить целую операцию по снятию его с мели, высылать туда КР «Нахимов» и ТР «Хабаровск», портовые пароходы и баржи для разгрузки. Но не успели повреждённый миноносец поставить в док, как туда же пришлось ставить КЛ «Гиляк», посланную к Бицзыво для преследования пиратов и выскочившую 29 апреля 1901 г. на не обозначенную на карте гряду. Хотя лодка через 45 минут снялась с мели сама, днище с 35-го по 38-й шпангоут оказалось смято, и потребовался доковый ремонт. Причём для канонерки это была уже вторая авария за два месяца. 12 марта 1901 г. лодка столкнулась с германским пароходом «Матильда» у реки Пей-хо, когда из-за навала на корму «Гиляка» вылетело 48 заклёпок, ослабли стыки листов обшивки и был сломан трап. По заключению комиссии, ущерб составил 2500 долларов на ремонт и 91 на составление документов.
В начале XX века произошёл ряд аварий по совершенно, казалось бы, неожиданному поводу — рулевые не понимали поданных команд. Произошло это потому, что до XIX века команда подавалась для перемещения румпеля, а не пера руля. Руль перекладывали не с помощью привычного всем сейчас штурвала, а талями. Поэтому команда «право руля» обозначала, что корабль пойдёт влево! Анахронизм в начале XX века устранили, но рулевые и команда кораблей привыкали к этому с трудом. Из-за этого в августе 1901 г. столкнулись миноносец «Касатка» и крейсер «Адмирал Нахимов». Случались аварии и при движении плавсредств в портах. Так, 31 августа 1901 г. при столкновении буксира Добровольного флота «Диомид» с барказом броненосца «Петропавловск» погиб матрос В. Павлов. А крейсер «Владимир Мономах» получил повреждения якорного устройства из-за подвижки льда при стоянке в Шанхае. С появлением на флоте подводных лодок аварийность ещё более возросла. То взрывались батареи из-за высокой концентрации водорода в отсеках, то при попытке затянуть находящийся под давлением люк на ПЛ «Сом» срывало его крышку. Особенно поразило свидетелей этой аварии, что с матроса, обтягивавшего болты, сорвало одежду. Ранение двух рабочих особого удивления не вызвало.
После Русско-японской войны для охраны природных ресурсов и патрулирования Охотского и Берингова морей построили специальные суда «Командор Беринг» и «Лейтенант Дыдымов». Но эти корабли относились уже не к ВМФ, а к Министерству внутренних дел. Впрочем, по-прежнему хватало работы и для кораблей флотилии. Им приходилось производить опись побережья дальневосточных морей, заниматься спасением аварийных судов (как это пришлось делать КР «Владимиру Мономаху», снявшему с гибнувшего на камнях парохода 194 пассажира) ловить нарушителей порядка как до, так и после Русско-японской войны. Поэтому некоторые корабли служили десятилетиями, как ветеран флотилии канонерка «Манджур», названная не только в честь народа, населяющего Дальний Восток, но и корабля, основавшего Владивосток в 1860 г.
