Безусловно, влияние Клягеса в студенческой среде было связано с антисемитизмом. В этой связи следует подчеркнуть, что антисемитские студенческие корпорации и антисемитизм в студенческой среде содействовали идеологизации в нацистском расистском духе. По «Закону о реставрации немецкого служилого сословия» от 7 апреля 1933 г. увольнению из университетов подлежали евреи и люди оппозиционных взглядов. Всего уволили 1684 ученых (примерно 15% от общего числа), в частности, 32% профессорско-преподавательского состава Берлинского университета. Коллеги уволенных не протестовали.
Таким безрадостным было положение в университетской науке, но немногим лучше оно было и в академической науке. Разделение на академическую и университетскую науку было характерно не только для Советского Союза, но и для Германии: там существовала система академических институтов в рамках центральной Академии наук. Последняя называлась «Общество кайзера Вильгельма» (КВГ, Kaiser Wilhelm Gesellschaft); основанное 11 октября 1911 г., в первой половине XX в. оно было самым значительным немецким научным учреждением. Первым президентом КВГ был известный теолог Адольф фон Харнак. Список директоров различных институтов КВГ состоял сплошь из нобелевских лауреатов: Альберт Эйнштейн, Фриц Хабер, Макс Планк, Отто Хан, Петер Дебие, Вернер Гейзенберг, Макс фон Лауэ, Рихард Кун, Адольф Бутенау, Отто Мейерхоф. В 1922 г. КВГ насчитывало 19 институтов, в которых работал 371 ученый, через 20 лет в КВГ работало уже 1400 ученых в 38 институтах. Президентом КВГ в 1930–1937 гг. был Макс Планк (1858–1947), человек высочайших моральных качеств, воспринявший приход нацистов к власти как национальную трагедию. Планк использовал все возможности, чтобы сохранить немецкую науку; он открыто выступал в защиту еврейских ученых и требовал прекратить их преследования. Порой его слова приводили Гитлера в такое состояние, что он молча выслушивал все, что говорил Планк, и удалялся. В дальнейшем ученый изменил тактику, стал более сдержанным и осмотрительным, хотя нацисты, несомненно, знали о его взглядах. Сын Макса Планка Эрвин участвовал в заговоре полковника Штауффенберга и был казнен в 1944 г. Возродившееся после 1945 г. КВГ носит имя Макса Планка.
Коллега Планка, один из создателей современной квантовой теории Вернер Гейзенберг (1901–1976), был в 1941–1945 гг. директором Института физики КВГ. Именно в его институте были совершены открытия, которые вели к созданию атомной бомбы, но Гейзенберг сознательно вводил нацистское руководство в заблуждение, разъясняя, что перспективы практического использования цепной реакции лежат лишь в области получения нового источника топлива.
В отличие от Гейзенберга и Планка, некоторые директора институтов КВГ приветствовали нацистов. Например, Ойген Фишер, директор Института антропологии и евгеники, полностью идентифицировал себя с нацистским режимом. Эрнст Рюдин из Института психиатрии в годы нацизма пропагандировал расовую гигиену, принимал активное участие в программе стерилизации, а также в разработке «Закона о предотвращении наследственных болезней» от 14 июня 1933 г., последствия которого были очень тяжелыми. Преемник Фишера барон фон Вершуэр сотрудничал со своим бывшим докторантом (затем ассистентом) доктором Иозефом Менгеле, проводившим в Освенциме опыты над людьми. Профессор Института мозга Юлиус Халлерфорден занимался своими исследованиями, используя трупы людей, убитых эсэсовцами.
Впрочем, давлению расизма и антисемитизма подверглись даже точные науки, имеющие дело с предметными вещами — были прокламированы, например, немецкая математика и арийская физика. Здесь на сторону нацистов встали некоторые известные ученые: Филипп Ленард (специалист в области свойств катодных лучей, Нобелевская премия 1905 г.) и Иоханнес Штарк (специалист по оптике, Нобелевская премия 1919 г.); и все только для того, чтобы в спорах с еврейскими учеными получить более «убедительные» позиции. В 1937 г. Штарк назвал Вернера Гейзенберга (Нобелевская премия 1932 г.) «штатгальтером еврейства в немецкой духовной жизни». Даже партийные боссы вынуждены были удерживать Штарка от огульных обвинений, ибо результаты и мнение профессионалов были важнее идеологем. Ленард написал книгу «Немецкая физика», полную нападок на квантовую теорию и теорию относительности, которые, на его взгляд, вдохновлялись «антигерманскими» настроениями. Ленард и Штарк считали Гитлера величайшим из живущих немцев. Коллега Штарка Бруно Тюринг возглавил публицистическую кампанию против теории относительности Эйнштейна. Известный германский химик, создатель искусственного каучука, философ и социолог Вер-нер Дайц стал в 1933 г. правой рукой Розенберга в его интригах и борьбе за полномочия. Именно Дайц сформулировал один из главных «арийских» законов жизни государства — автаркию; он настойчиво твердил о категорическом императиве — жить собственной силой, за счет собственного пространства.
Под влиянием Штарка историк астрономии Эрнст Циннер (1886–1970) стремился даже польского астронома Коперника превратить в германского ученого; он писал, что «учение Коперника возникло в Германии и там было доведено до логического завершения Кепплером». Самого Коперника он объявил немцем. Коперник был родом из Торуни, но Циннер говорил о «старом немецком городе Торне на Висле». Торунь, хотя и на самом деле была основана Немецким орденом в 1231 г., в течение истории много раз переходила то к Польше, то к Пруссии, затем к рейху. После Второй мировой войны этот город отошел к Польше; таким образом, Коперника можно было бы считать и польским и немецким ученым, но Циннер объявил о его немецкой принадлежности. Розенберг в своем «Мифе XX века» назвал Коперника (вместе с Кантом и Гете) духовной вершиной немецкой традиции. Особенную актуальность эти «изыскания» приобрели в 1943 г. в связи с празднованием 400-летия со дня рождения Коперника.
Нацистские историки и Галилея пытались сделать «немецким ученым» — последовательным сторонником этого тезиса был берлинский математик Людвиг Бибербах (1886–1982). В годы нацизма он «переквалифицировался» в идеолога от науки и пытался не только «нацифицировать» математику, но и применить к математике расовое учение; так, вместе со своим коллегой Теодором Валеном (президентом Прусской АН) он издавал журнал «Немецкая математика».
По иронии судьбы созданием атомной бомбы США обязаны двум ученым, изгнанным за еврейское происхождение из Германии и Италии — Альберту Эйнштейну и Энрико Ферми (он построил первый ядерный реактор и первым (2 декабря 1942 г.) осуществил в нем цепную ядерную реакцию). Филипп Ленард смог убедить Гитлера, что ядерная физика и теория относительности используются евреями для разложения германского народа, поэтому Гитлер именовал ядерную физику не иначе как «еврейской физикой».
Психолог Курт Гаугер выступал против психоанализа Зигмунда Фрейда по той причине, что тот был еврей. Хотя фрейдовское учение, в принципе, продолжало существовать в неортодоксальных формах. Примером тому является судьба самого значительного ученика Фрейда — Карла Юнга; этот неортодоксальный фрейдист с его учением о коллективном бессознательном пришелся ко двору в нацистской Германии и возглавил немецкое Общество психиатрии.
Самой запятнанной сотрудничеством с нацистами оказалась медицина. Символом чудовищных преступлений немецких медиков в годы войны является имя доктора Иозефа Менгеле, который приказывал убивать подопытных детей, рост которых на 1 см был меньше требуемых 1,56 м. Не меньшими чудовищами были профессор Иоахим Кремер, который наблюдал на своих «пациентах» за воздействием голода на организм, или «врачи», испытывавшие на русских военнопленных действие отравленных пуль (они стреляли им по ногам и протоколировали самочувствие испытуемых). Нацистские «врачи» стерилизовали около 350 тыс. человек, убили по программе «эвтаназии» около 200 тыс. больных, калек и престарелых.