Пистолеты используются в книге гораздо чаще, чем в игре (где ими владели только аркебузиры, папская стража и Чезаре).
Смазанные ядом дротики, подаренные Эцио Леонардо, бросались как обычные дротики, тогда как в игре ими заряжался скрытый пистолет.
В книге арбалет для Эцио также сделал да Винчи, и он был использован только в одной миссии – когда Аудиторе сопровождал «сдавшегося» Бартоломео во вражеский стан.
Леонардо признавался, что использовал Яблоко, чтобы найти Эцио, как впоследствии сам Аудиторе использовал Частицу Эдема, чтобы обнаружить местонахождение Чезаре.
Эцио не использовал Яблоко в качестве оружия против Чезаре.
Убийства персонажей
Палач, Мальфатто и Саббатини не упоминаются в книге.
Вечеринка Банкира перенесена из окрестностей Трастевере в его личный дворец в Ватикане, и сам хозяин умирает иначе, чем в игре.
В книге Эцио убивает барона Валуа мечом.
Финальная схватка и убийство Чезаре несколько отличаются в книге от сценариев игры.
Прочие события
Действие романа начинается в 1503 году, в отличие от 1499 года в игре. Соответственно, все события, описанные в игре, занимают четыре года, в то время как в книге они разворачиваются в течение нескольких месяцев.
Эцио и Марио Аудиторе убегают из Ватикана на лошадях и не переплывают при этом Тибр, как показано в игре.
Очнувшись в Риме, Эцио решает посетить врача после того, как совершает «прыжок веры» с крыши церкви. В игре Эцио сразу же направляется к доктору.
Марио Аудиторе был сначала заколот мечом, потом застрелен и обезглавлен. Держа его голову на вытянутой руке, Чезаре угрожал ею Эцио со словами: «Следующей будет твоя!»
Во время осады Монтериджони Эцио был ранен генералом Валуа, а не аркебузиром, как в игре.
Леонардо присутствовал при осаде Монтериджони и находился рядом с Чезаре против своей воли.
В книге военные машины Леонардо были уничтожены учениками Эцио. Эти же ученики оберегали изобретателя от козней семейства Борджиа. В игре же Эцио лично уничтожил все машины, а насчет предоставления какой-либо охраны художнику там не сказано ни слова.
В книге упоминается, что, помимо военных машин, Леонардо изобрел что-то вроде колесницы смерти.
В книге события «противостояния» Ла Вольпе и Макиавелли описаны до убийства барона Валуа.
В книге задания воров и куртизанок выполняются рекрутами ассасинов.
Падение приспешников Борджиа в книге описано более детально.
В 1504 году хозяйкой борделя «Цветущая роза» ненадолго стала Роза, венецианская подруга Эцио и член местной гильдии воров. Как бы то ни было, после освобождения из заложников Клаудия вернулась к своим обязанностям.
Макиавелли присутствовал при том, как Эцио прятал Яблоко в хранилище под Колизеем. В игре Эцио выполнял эту миссию самостоятельно.
Ни одно из событий восстановленной последовательности «Исчезновение да Винчи» не упоминается в книге.
Охота за Чезаре после его заточения в тюрьму описана в книге более подробно. В игре это переход от одного воспоминания к другому, а в книге – несколько глав: бесплодный поиск информации, неполная помощь Яблока и пр. Соответственно, в книге добавляются локации и персонажи, относящиеся к этой части (такие, как мать Чезаре и его законная супруга).
