Как бы там ни было, в 1836 году, то есть к концу плавания на «Бигле», Дарвин окончательно убедился в том, что виды изменчивы и все живые существа произошли от ныне вымерших предков. Эта часть была ему совершенно ясна. Но была ли трансформация, которую он видел в окаменелостях, последовательным процессом, как утверждал Ламарк, или результатом смены одних видов другими, как считал Брокки? И в любом случае как именно она происходила? Эти сложные вопросы много лет не давали Дарвину покоя, хотя некоторые признаки указывают на то, что в итоге он выбрал бы концепцию последовательных изменений.
Вернувшись домой, молодой и уже знаменитый ученый начал сортировать собранные в путешествии коллекции, рассылать их специалистам для изучения и приводить в порядок свои мысли. В середине 1837 года Дарвин нарисовал в своих личных заметках первый гипотетический вариант эволюционного древа, иллюстрирующий идею происхождения новых видов от более древних. В 1842 году он прочел последнее издание знаменитого трактата Томаса Мальтуса о приросте населения (которое, по его словам, без должного контроля увеличивалось вдвое каждые 25 лет) и под его влиянием написал небольшой очерк о происхождении видов путем естественного отбора. Еще через два года очерк превратился в объемное эссе, которое так и не было опубликовано при жизни автора (Дарвин оставил указания напечатать его в случае своей смерти).
Зрелые рассуждения Дарвина строились следующим образом. Закономерности, отмечаемые в живой природе (то есть те сходства, о которых писал еще Линней), объясняются «наследованием с изменениями». Все живые организмы имеют единого прародителя. У таких несхожих существ, как, к примеру, птицы и губки, этот прародитель существовал в глубокой древности, а вот общий предок разных видов антилоп мог жить всего несколько веков назад. Такое разнообразие возникает потому, что особи в рамках одного вида имеют разные унаследованные признаки и от тех из них, которые сумеют выжить и оставить потомство, происходит все больше и больше новых особей. Особи, чьи наследуемые признаки наилучшим образом помогают им адаптироваться к окружающей среде, размножаются успешнее, а те, кто не сумел приспособиться, оставляют меньше потомства. Соответственно, из поколения в поколение в рамках вида происходят физические изменения. Таким образом, природа как бы подстраивает вид под условия его существования, а по мере улучшения механизмов адаптации меняется и внешний вид живых существ. Такой «естественный отбор» аналогичен отбору искусственному, который животноводы с незапамятных времен применяют для получения скота с нужными характеристиками. Разница лишь в том, что у естественного отбора отсутствует цель — он действует лишь в соответствии с непосредственными потребностями вида. В ходе этого последовательного процесса виды изменяются от поколения к поколению, как и предполагал Ламарк, и в них постепенно накапливаются различия.
Основные положения этой теории были изложены уже в очерке 1842 года, который доказывает, что в споре между Ламарком и Брокки Дарвин был на стороне идеи постепенной трансформации. В эссе 1844 года он представил более полное описание своей концепции. Собранные воедино, все элементы его теории формировали цельную и поразительно простую, но тем не менее убедительную картину. Однако, даже при наличии описанного механизма изменений, сглаживавшего острые края трансформационной теории, она все равно казалась чересчур радикальной для представлений XIX века. Несмотря на то что Дарвин был совершенно уверен в ключевой роли трансформации, он также понимал, что не обладает достаточными доказательствами для ее подтверждения, по крайней мере по его собственным высоким стандартам.
Существовало множество причин, по которым Дарвин не торопился представлять свою теорию широкой общественности. Это могла быть боязнь оскорбить его глубоко верующую жену, мечтающую после смерти воссоединиться с супругом в раю, или его собственное слабое здоровье, или страх перед шумихой, которая поднялась бы в научном сообществе после публикации его работы, или какие-либо иные обстоятельства. Как бы там ни было, научную деятельность Дарвина в течение 10 лет после 1844 года можно сравнить с тем, что этологи называют смещенным поведением (к примеру, вместо того, чтобы атаковать альфа-самца и побороться за желанную самку, подчиненный самец в стае макак «смещает» свое поведение и нападает на подростка). Завершив свой труд в 1844 году, Дарвин почти 10 лет тратит на изучение оседлых морских беспозвоночных, причем порой работа превращается для него в настоящую манию. Рассказывают, что один из его младших сыновей, приехав в гости к другу, поинтересовался: «А где твой отец держит своих усоногих рачков?» Результатом этой работы стали четыре изданных тома, солидная научная репутация и престижная медаль от Королевского научного общества. Труд об усоногих рачках представлял собой подробное описание различий между разными видами этих беспозвоночных, однако не содержал ни единого упоминания об эволюционных рассуждениях. Своей радикальной идеей Дарвин в конце концов поделился с небольшой группой натуралистов, которым он мог доверять. Рассказывают, что он говорил приглушенным и виноватым голосом, «как будто признавался в убийстве».
Пока зажиточный Дарвин размышлял над своими эволюционными идеями, окруженный уютом собственного загородного дома, его молодой коллега Альфред Рассел Уоллес сталкивался с постоянными опасностями на другом конце земного шара. Будучи таким же страстным натуралистом, как и Дарвин, и мечтая увидеть как можно больше природных уголков планеты, 25-летний Уоллес покинул Англию в 1848 году и отправился в Амазонию, где он рассчитывал собрать коллекцию естественно-научных образцов. Молодой человек постоянно был на мели, поэтому целью его экспедиции было не только самообразование, но и продажа своих находок. Отправляясь в плавание, Уоллес не забывал и о вопросе происхождения видов. В 1852 году, когда он возвращался из Бразилии в Англию, на его корабле вспыхнул пожар. В результате Уоллес не только потерял почти всю коллекцию, но и провел две недели посреди Атлантики в утлой спасательной шлюпке. Однако это его не остановило, и в 1854 году он снова отплыл из Англии. На этот раз целью стал Малайский архипелаг — цепочка островов между Сингапуром и Новой Гвинеей. Здесь Уоллесу приходилось жить в самых суровых условиях и частенько зависеть от благотворительности незнакомцев (в основном местных жителей, которые редко видели на своих островах европейцев). Тем не менее он старательно собирал огромные коллекции, делал подробные записи обо всем, что видел, и наслаждался богатством тропической природы и культуры. Как и в Южной Америке, с самого начала экспедиции Уоллес начал задаваться вопросом, откуда могло взяться подобное разнообразие видов.
В начале 1855 года, работая в штате Саравак на севере острова Борнео, Уоллес окончательно определился со своими взглядами и направил в Англию рукопись статьи с убедительным названием «О законе, регулирующем возникновение новых видов». В этой статье он заявлял, что «существование каждого вида начинается в одном и том же месте и в одно и то же время с близкими ему видами». Такая формулировка показывала явное несогласие автора с точкой зрения Лайеля, отрицавшего идеи Ламарка и Брокки. Сам Лайель прочел эту статью в публикации через несколько месяцев после отправки и был явно поражен приведенными в ней аргументами и доказательствами. В 1856 году Лайель навестил Дарвина (по удивительному совпадению, чтобы вторым из всех его знакомых выслушать описание эволюционной теории) и показал тому работу Уоллеса. К тому моменту Дарвин и Уоллес уже состояли в переписке, и в качестве широкого жеста Дарвин сообщил молодому коллеге, что его статья не осталась незамеченной. Возможно, именно этим письмом и объясняются последующие события в нашей истории.