Другая важная тема, возникающая из сравнительного анализа геномов, — это вопрос о взаимоотношениях между вкладами архей и бактерий в происхождение специфичных для эукариот функциональных систем, и особенно о смешанном архейно-бактериальном происхождении некоторых из этих систем. В принципе существует два типа родственных связей между функциональными системами эукариот и прокариот (см. табл. 7-2):
1. Эукариотические системы, возникшие из гомологичных и функционально аналогичных систем прокариот.
2. Эукариотические системы, возникшие путем сборки из компонентов, которые у прокариот вовлечены в функционально иные, часто разные процессы, иногда вместе с дополнительными белками, которые, по-видимому, специфичны для эукариот.
Таблица 7-2
Предполагаемое происхождение некоторых ключевых функциональных систем и молекулярных аппаратов эукариот
Многие из систем типа 1 долгое время рассматривали как эукариотические инновации. Однако имеет место примечательная тенденция: чем внимательнее мы изучаем быстро прибывающие данные сравнительной геномики архей и бактерий, тем больше обнаруживается эволюционных предшественников для характерных эукариотических систем. Например, у давно известного эукариотического аппарата деградации белков, протеасомы, имеется более простой гомолог с аналогичной функцией у архей, и даже более примитивная версия у бактерий (Groll et al., 2005). Бесспорная эволюционная связь и функциональная аналогия между протеасомами архей и эукариот была точно установлена даже раньше, чем появились последовательности геномов. Сравнительный анализ геномов параллельно привел к предсказанию экзосом у архей: были идентифицированы высококонсервативные наборы предполагаемых архейных оперонов, кодирующих белки, гомологичные субъединицам эукариотических экзосом, молекулярных машин, осуществляющих деградацию РНК у эукариот (Koonin et al., 2001b). Как и следовало ожидать, эта предсказанная архейная экзосома была экспериментально обнаружена через несколько лет (Hartung and Hopfner, 2009).
В течение долгого времени убиквитиновая сигнальная сеть, управляющая деградацией и топогенезом белков в эукариотической клетке посредством присоединения к белкам небольшого, чрезвычайно консервативного белка, называемого убиквитином (Ub), и значительно менее распространенных паралогов убиквитина, считалась типичной специфической для эукариот функциональной системой, уникальной отличительной чертой эукариот (Hochstrasser, 2009). Позже, благодаря растущему разнообразию секвенированных геномов архей и бактерий и прогрессирующим методам обнаружения сходства белков по аминокислотной последовательности и структуре, были обнаружены прокариотические гомологи убиквитина. Эти небольшие белки чрезвычайно распространены у архей, но, по-видимому, работают в реакциях, обеспечивающих встраивание серы, что необходимо для биосинтеза ряда коферментов. Однако тщательное сравнение геномов привело к открытию, у различных бактерий, оперонов, которые комбинируют гены гомологов убиквитина с генами гомологов двух субъединиц убиквитин-лигазы и деубиквитинирующего фермента. Хотя эти белки лишь отдаленно связаны со своими эукариотическими гомологами, колокализация всех этих генов наводила на мысль о вероятности того, что обнаружено бактериальное происхождение Ub-системы (Iyer et al., 2006). Далее в 2010 году появилось сообщение об экспериментах, демонстрирующих, что по крайней мере у некоторых Archaea определенная группа гомологов убиквитина функционирует подобно классическому эукариотическому убиквитину, то есть эти небольшие белки присоединяются к различным другим белкам и делают их мишенью для деградации (Humbard et al., 2010).
Убиквитиновая история этим не оканчивается. В декабре 2010 года, когда эта книга уже была практически завершена и редактировалась, было опубликовано удивительное открытие. Его помог сделать недавно секвенированный геном Candidatus Caldiarchaeum subterraneum, археи, которая была изолирована из золотоносного рудника и может оказаться представителем нового типа архей либо новой группы в составе Crenarchaeota (Nunoura et al., 2010). Геном этого организма содержит оперон, кодирующий четыре белка, которые, по результатам поиска по базам данных, представляются типично эукариотическими — для них обнаруживаются многочисленные высококонсервативные эукариотические гомологи, но не обнаруживается сходства с какими-либо белками из других архей или бактерий. Эти белки — убиквитин и три субъединицы убиквитин-лигазы (E1, E2 и E3). Более того, вслед за убиквитиновым опероном комплементарной цепью ДНК кодируется деубиквитинирующий фермент эукариотического типа. Таким образом, этот новый архейный геном кодирует полный набор белков, требующихся для обратимого убиквитинирования белков у эукариот. Интересно, что, когда я проводил дополнительный поиск по базе данных белковых последовательностей для того же геномного окружения, мне удалось идентифицировать еще одну субъединицу E3, так что даже пролиферация E3, которая достигает поразительных масштабов у эукариот, началась, по-видимому, уже у Archaea. Степень сходства между данными белками и их эукариотическими гомологами неожиданно высока (намного выше, чем для бактериальных белков, кодируемых в подобных оперонах), что наводит на мысль о необычной возможности горизонтального переноса генов от эукариот к археям. Однако это вряд ли самый экономный сценарий, если учитывать локализацию этих генов в одном опероне у Caldiarchaeum subterraneum. Остается заключить, что эта архея кодирует предковую убиквитиновую систему. Если это действительно так, мы будем вынуждены заключить, что эта система возникла и полностью сформировалась у Archaea, так что эукариоты получили ее в готовом виде, и все, что произошло с убиквитиновой системой в течение эволюции эукариот, сводится к возникновению разнообразия и «украшений». Удивительно, что потребовалось секвенировать более ста геномов архей для того, чтобы обнаружить эту предполагаемую предковую убиквитиновую систему; это показывает, что предковые версии некоторых ключевых эукариотических функциональных средств достаточно экзотичны среди Archaea. Я описываю это открытие настолько подробно не только по причине его несомненной важности для понимания происхождения убиквитиновой регуляторной сети, но даже в большей степени из-за его широких последствий для эволюции эукариот, которые я подчеркиваю ниже в этой главе.