22 февраля группа боевиков НФ в числе 119 человек на вертолетах вылетела в Гарм — столицу Каратегина, где и была полностью уничтожена оппозиционерами, после чего Гарм покинули жители. Продолжались этнические чистки и в Гиссаре, где в приграничных с Узбекистаном селах прошла массовая резня.
29 марта в Курган-Тюбе были убиты С. Сафаров и известный полевой командир, лидер узбеков — локайцев Файзали Саидов. Существуют разные толкования мотивов этих убийств: некоторые исследователи настаивают на исламском следе; в ходу были также слухи о том, что они были уничтожены своими, ибо выполнили возлагавшиеся на них функции и по ряду причин стали ненужными.
Со 2 апреля отмечено массовое проникновение боевых групп с территории Афганистана, где в восьми лагерях сосредоточилось свыше 100 тысяч беженцев. Бои с некоторыми отрядами носили ожесточенный характер.
5 апреля на территории Хорогского погранотряда были похищены 10 российских пограничников, которых через несколько дней освободили.
Всего, по данным Российской федеральной службы миграции на апрель 1993 года, Таджикистан покинуло около 300 из 388 тысяч славян, проживавших в республике до начала гражданской войны.
В конце апреля через границу прорвался новый крупный отряд оппозиции, а формирования некоего Абдурахима заняли значительную часть Шуробадского района Кулябской области. Существенно ухудшилась экономическая ситуация в Таджикистане: так, Ленинабадская область заключила прямое (без посредничества центрального правительства) соглашение с Ташкентской областью Узбекистана, предусматривавшее, в том числе, и поставки в Ходжент продовольствия. Ливневые дожди на юге с 29 апреля по 10 мая привели к катастрофическим последствиям, окончательно подорвав и так весьма бедное сельское хозяйство и разрушив хозяйственную и жилую инфраструктуру.
Постепенно активизировались отряды оппозиции в горных районах. В конце июня в течение нескольких дней продолжались ожесточенные бои в районе г. Рогуна к северо-востоку от Душанбе. В этих боях принимала участие бронетехника 201-й мсд, а правительственным силам противостоял отряд полевого командира Ризвона Содирова (был убит 02.12.1997 г. в результате спецоперации в Душанбе).
В ночь с 12 на 13 июля отряд боевиков под командованием полевого командира афганца кори Хамидулло численностью более 200 человек прорвался на территорию Таджикистана в районе 12-й заставы. В результате ожесточенного боя погибли 24 пограничника, а также несколько военнослужащих 201-й мсд и сотрудников КНБ Таджикистана.[35]
Обострились боевые действия в районе Тавильдары, где правительственным войскам противостоял отряд Абдулгафура. Дорога из Душанбе в долину Каратегина была блокирована отрядами Нозима и Исмата. Оппозиционные силы контролировали также Рогун и Обигарм.
Начиная с конца июля активизировалась деятельность правительственных сил на памирском направлении, преимущественно в районе Тавильдары вдоль шоссе, ведущего через перевал Хабуработ в Хорог, что было вызвано, прежде всего, необходимостью подвоза продуктов в Бадахшан. Одновременно продолжалось практически непрерывное давление на российских пограничников со стороны отрядов оппозиции с территории Афганистана — преимущественно в районах 7-й, 10-й, 11-й и 12-й застав. При этом государственная граница была прорвана в нескольких местах — так, один из отрядов оппозиции численностью около 400 человек занял плацдарм шириной до 8 км и глубиной в 9 км.
В боях за перевал Хабуработ, который защищал отряд обороны Горного Бадахшана, в конце июля — начале августа были подбиты 7 танков и 4 БТРа правительственных войск.
Одним из печальных результатов гражданской войны стали многочисленные заболевания холерой, от которой только 2 августа в Пянджском районе скончались 6 человек, еще 132 жителя района в тяжелом состоянии находились в районной больнице.
3 августа около 20 часов правительственными войсками была предпринята массированная атака на силы бадахшанцев и отряды оппозиции, которую поддерживали 22 вертолета и 16 самолетов (так как авиации у Таджикистана фактически не было, это были самолеты и вертолеты узбекских ВВС, за штурвалами которых сидели российские летчики). Бомбово-штурмовые удары были нанесены по кишлакам Сайдо, Кулумбои-боло, Кулумбои-поён, Кур и Даштиджум. В результате погибло около 60 мирных жителей — в основном, старики и женщины, а также 14 детей.
6 августа с 8 утра парой Су-24 были нанесены бомбовые удары по селениям Дажти-шер, Лангаров, Калаи Хусейн и Хур.
В 14:00 правительственные войска штурмом взяли кишлак Калаи Хусейн, а через два часа 13 танков и 4 КамАЗа с пехотой вошли на территорию Клаихумбского района, закрепившись в селении Сагирдашт.
В этот же день в центре Каратегина — поселке Гарм произошло вооруженное столкновение между местными жителями и узбеками, проходившими службу в правительственных войсках. Причиной явилась попытка узбеков изнасиловать местных женщин. В результате боя были убиты 8 узбеков и 1 местный таджик, несколько бойцов НФ были ранены. Узбеки вызвали помощь из Турсунзадевского района, подоспевшую 8 августа на двух КамАЗах. В результате ожесточенных перестрелок, в которых гармцы объединились против узбеков с кулябцами, погиб 41 боевик.
7 августа в Москве состоялась встреча глав государств России, Средней Азии и Казахстана, посвященная ситуации в Таджикистане. На председателя Верховного Совета Таджикистана Э. Рахмонова было оказано сильное давление со стороны президентов Б. Ельцина и И. Каримова с целью заставить его пойти на переговоры с оппозицией. На этой же встрече под давлением России было принято решение о коллективной обороне таджико-афганской границы как границы СНГ.
В ночь с 9 на 10 августа правительственные войска подвергли бомбардировкам кишлак Сагирдашт, в результате чего появились новые жертвы среди мирных жителей. Сообщалось, что 9 августа на перевале Хабуработ установлен правительственный пост.
9-го же августа в результате диверсии возник пожар на складах боеприпасов 201-й мсд, расположенных в местности Ляур в 30 км от Душанбе. Лишь 11-го пожарные смогли приступить к тушению огня. Полностью было уничтожено 6 складов дивизионного значения.
10 августа в районе кишлака Кургов в Бадахшане перешедшие границу таджикские моджахеды захватили в плен 5 военнослужащих миротворческих сил СНГ: 4 российских солдат и 1 майора российского происхождения из Казахстана Сергея Петухова.
Продолжала обостряться борьба за власть не только между «Севером» и «Югом», но и внутри самого «Народного фронта». На севере, в Ленинабадской области, с лета предпринимался ряд мер, призванных обеспечить устойчивость власти в критической ситуации: создавались параллельные душанбинским органы государственного управления, науки, культуры и другие, должности в которых предоставлялись эмигрантам северо-таджикского происхождения из Душанбе. В Ходженте все громче раздавались голоса о неспособности власти стабилизировать ситуацию в республике, а в сознании населения укоренялась идея о необходимости создания в Ленинабадской области «свободной экономической зоны».
