Кирей Амуратович, уговаривавший Ахмата выступить в поход на Русь.
Великий князь Иван III. Гравюра XVI в.
Иван III не испугался надвигавшейся опасности, в послании к новгородцам он особо подчеркнул свои родовые права на власть над городом. Это вызвало бурю на вече, и сторонники Борецких открыто заявили: «Московский князь многие обиды и неправды над нами чинит, хотим за короля Польского и великого князя Литовского Казимира». Великий князь Московский и митрополит Филипп направили к новгородцам посольство, пытаясь сохранить мир. Однако горожане не хотели идти на соглашение с Москвой. Весной 1471 г. Иван принял решение начать войну. Впервые московский князь собирался в поход на Новгород в летнее время, которое традиционно считалось по погодным условиям неблагоприятным. Тем не менее московские рати выступили в поход. Очень быстро отдельные отряды новгородцев были разбиты московским войском. Псковичи в качестве союзников тоже начали войну с Новгородом. 14 июля на реке Шелони произошло решающее сражение, в котором войска Новгорода потерпели сокрушительное поражение. Исход битвы, вероятно, решила мощная московская конница.
Прибыв в Русу, Иван III приказал казнить часть попавших в плен бояр, взял выкуп с горожан и «мелких людей» отпустил. Вскоре в Коростыни был заключён мирный договор, по которому Новгород должен был выплатить великому князю 16 000 рублей откупа. Кроме того, для новгородцев устанавливался и великокняжеский суд. В 1475 г. Иван выезжал в Новгород для суда над несколькими посадниками, на которых жаловались горожане (так называемое «Городищенское стояние»). В 1477 г. в Москву прибыло посольство от части новгородского боярства, которое, стремясь сохранить свое привилегированное положение, предложило Ивану III называть себя их «государем», полностью ликвидировать новгородскую автономию, установить в городе власть княжеских наместников. Весной Иван направил ответное посольство, но, как только московский боярин Фёдор Давыдович изложил предложения Ивана по организации политической власти в городе, вече взбунтовалось. Противники Москвы опять взяли верх, и разъяренная толпа убила великокняжеских послов.
Марфа-посадница. Скульптурное изображение на памятнике «Тысячелетие России»
9 октября 1477 г. Иван III начал новый поход против Новгорода. Новгородское войско заперлось в городе, и Иван, не встречая сопротивления, двигался по новгородским землям. В конце ноября, пройдя по льду Ильмень-озера, московские отряды взяли город в осаду. Сам Иван 27 ноября встал на левом берегу Волхова. Начались долгие переговоры. Между тем в городе наступил голод, начался мор. Под угрозой возмущения горожан новгородские бояре приняли все предложения Ивана, согласившись даже передать ему часть владычных и монастырских земель. Это был первый в русской истории случай конфискации княжеской властью церковных имуществ, считавшихся издревле неприкосновенными. Таким путем новгородские бояре пытались сохранить свои вотчины. Наконец в четверг, 15 января 1478 г., самостоятельному существованию Новгородского государства пришел конец. В город въехали московские бояре и дьяки. Во всех пяти новгородских концах горожане целовали крест великому князю. Самоуправление ликвидировалось полностью, и новгородское вече с тех пор перестало собираться. Иван «града же пленити не повелел», то есть никакое насилие над горожанами не учинялось, и присоединение Новгорода произошло мирным путем. Репрессии коснулись лишь восьми бояр, которых, в том числе и знаменитую Марфу Борецкую («Марфа-посадница»), под конвоем отправили в Москву. Вечевой колокол Новгорода также был привезен в русскую столицу. Это означало, что Новгород органично влился в структуру земель Московского княжения. С тех пор значение его стало постепенно падать, пока и вовсе не сошло на нет. История Новгородского государства завершилась.
Присоединение новых земель к Москве продолжалось и в других северных направлениях. В 1471 г. Иван направил рать под командованием воеводы князя Фёдора Давыдовича Пёстрого-Стародубского в северо-восточные земли, прилегавшие к Русскому государству. Зиму 1471/72 г. московское войско шло из Великого Устюга до Камы. Оттуда воевода «на плотах и с коньми» двинулся дальше по её притокам, а затем на Чердынь. В Перми в то время сидел князь Михаил Ермолаевич, наместник Ивана III, стремившийся, однако, проводить самостоятельную политику и тяготевший к Казанскому ханству. В нескольких стычках с пермяками (самое крупное – у реки Колвы, где был взят в плен пермский воевода Качаим) московские рати одержали победу. Были заняты города Чердынь, Урос, Искор. На слиянии рек Колвы и Покчи в 1472 г. был построен новый городок Покчá – форпост московского влияния на северо-востоке. Таким образом, северная часть Пермской земли вошла в состав Московской Руси, и граница государства Ивана III подошла к Северному Уралу и бассейну реки Обь, тем самым Кондинским, Обдорским и Удорским землям, которые были освоены русскими позднее. Постепенное продвижение на север и восток сопровождалось приведением местных племен к присяге великому князю и обложением их данью.
Объединение русских земель продолжалось и за счёт уделов ближайших родственников Ивана. Так, в июле 1481 г. в Москве скончался бездетный младший брат великого князя Андрей Меньшой, владевший Вологдой. Весь свой удел он завещал Ивану. В 1482 г. московский властитель заключил договор со своим родственником – внуком Дмитрия Донского Михаилом Андреевичем верейским. Последний отказывался от своих прав на Белоозеро и оставался лишь пожизненным его владельцем без права передачи владения своему сыну Василию. Однако вскоре Василий, получивший в истории прозвище «Удалой», своими руками поставил точку в недолгой истории всего Верейского княжества. Когда у Ивана III родился внук, великий князь захотел «одарить» сноху семейными ценностями. Но оказалось, что жена Ивана Софья Палеолог раздаривала великокняжеские драгоценности своему брату Андрею и его дочери Марии, жене Василия Михайловича. Разъяренный Иван приказал изъять у верейского княжича всё «приданое», а самого его схватить и посадить в тюрьму. Не дожидаясь этого, Василий Удалой бежал в Литву, где Казимир IV пожаловал ему Любеч. Поскольку наследник верейского стола остался в Литве навсегда, его отец Михаил Андреевич вынужден был заключить с Иваном договор о передаче в удел великого князя после своей смерти всех своих владений. Старый Михаил Андреевич скончался в апреле 1486 г., и его земли Верея и Малоярославец были присоединены Иваном к Московскому княжеству.
В январе 1483 г. умер рязанский князь Василий Иванович. С его сыном Иваном, племянником Ивана III, был заключён новый договор, по которому Рязани запрещалось вести самостоятельную внешнюю политику. Таким образом, хотя формально княжество оставалось самостоятельным, важнейшая сфера жизни любого независимого государства была для него закрыта.
В середине 1480-х гг. наступил черед другого некогда сильного княжения, давнего соперника Москвы – Твери. Силы Твери были уже не те, что раньше. Слабое княжество, под управлением князя Михаила Борисовича, который не отличался выдающимися государственными способностями, не могло более соперничать с усилившейся Москвой. Еще ранее 1485 г. многие тверские бояре